当前解析结果
SmilChr05G001641| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001641 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001641 |
| 描述 | probable transmembrane ascorbate ferrireductase 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 15372025 - 15373269 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986317 |
|---|---|
| GeneID | 130986317 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986317 |
| 原始查询 | SmilChr05G001641 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable transmembrane ascorbate ferrireductase 4 |
| 产物 | probable transmembrane ascorbate ferrireductase 4 |
| Arabidopsis | AT1G26100 (AT1G26100)Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839151] identity=60.4; qcov=0.949; evalue=7.3e-86; confidence=high |
| Rice | Os08g0384000- identity=43; qcov=0.941; evalue=1.91e-52; confidence=medium |
| GO | GO:0016491 (oxidoreductase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03188 (Cytochrom_B561) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986317 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.40000 | XP_057765678.1 |
| 2 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057765678.1 |
| 3 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.40000 | XP_057765678.1 |
| 4 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057765678.1 |
| 5 | Lysosome | 溶酶体 | 0.20000 | XP_057765678.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:15372388 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B124,B136,B23,B38,B97,C55,C58,C62,C84 |
Chr5:15372401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765678.1PF03188
Cytochrom_B561 52-183 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765678.1 |
Pfam | PF03188 |
Cytochrom_B561 | Family | 52 | 183 | 1.5e-42 | 145.8 | Eukaryotic cytochrome b561 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。