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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001641

染色体: Chr05 坐标: 15372025-15373269 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001641
名称SmilChr05G001641
描述probable transmembrane ascorbate ferrireductase 4
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向15372025 - 15373269 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986317
GeneID130986317
locus_tag-
NCBI NameLOC130986317
原始查询SmilChr05G001641

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable transmembrane ascorbate ferrireductase 4
产物probable transmembrane ascorbate ferrireductase 4
ArabidopsisAT1G26100 (AT1G26100)
Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839151]
identity=60.4; qcov=0.949; evalue=7.3e-86; confidence=high
RiceOs08g0384000
-
identity=43; qcov=0.941; evalue=1.91e-52; confidence=medium
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF03188 (Cytochrom_B561)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986317

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057765678.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057765678.1
3 Endosome membrane 内体膜 0.40000 XP_057765678.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057765678.1
5 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057765678.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:15372388 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 9 B124,B136,B23,B38,B97,C55,C58,C62,C84
Chr5:15372401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765678.1
237 aa
N
1
118
237
Cytochrom_B561
C
PF03188 Cytochrom_B561 52-183 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765678.1 Pfam PF03188 Cytochrom_B561 Family 52 183 1.5e-42 145.8 Eukaryotic cytochrome b561

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909695.1
AATTGAAGTTGAAATGACATGATGTCATATTTTTATTATTGTGTCGGTGGTCACCCCTCTCTCACTAGCACTATATCGACACACAGACACTGAGAAAGTAGTCTAAAAAATCGAGGTTACTTTGAGCCCATGGCCGCAGCTTTGTCTTCCTCATTTCCTTTTCTGATTTTTGCAAGATTTTCAGCTTGTTTAGTTGCACTTCTTGTAGTAATATGGCCTCTTCACTTCAAGGATAGCTTCATTTCTCACTCCCCATTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986317
ATGGCCGCAGCTTTGTCTTCCTCATTTCCTTTTCTGATTTTTGCAAGATTTTCAGCTTGTTTAGTTGCACTTCTTGTAGTAATATGGCCTCTTCACTTCAAGGATAGCTTCATTTCTCACTCCCCATTGCAGGAAGACCACATTTACGCTGTTATGCACCCTTTGCTAATGGTGATCGGCTTCATCCTCATCAGTGGAGAAGCCATTTTGGTGCACAAATGGTTGCCTGGTTCAAGAAATTTGAAGAAATTGGTGCACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765678.1
MAAALSSSFPFLIFARFSACLVALLVVIWPLHFKDSFISHSPLQEDHIYAVMHPLLMVIGFILISGEAILVHKWLPGSRNLKKLVHLCLQGVALACGIFGIWTKFEGQEGIVANFYSLHSWMGVVCIILFGAQWLFGFMSFWHRGEVRTTRLKVLPWHVFVGLYTYGLAVVTAETGLLEKLTFLQTLGNLSRRCPETALVNALGLGLALLSSVVIVAALTPTHPTLFQLKNNVVVAF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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