Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001653`

染色体: Chr05 坐标: 15610063-15611712 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001653`
名称	SmilChr05G001653
描述	AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor RAV1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	15610063 - 15611712 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986347`
GeneID	`130986347`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986347`
原始查询	`SmilChr05G001653`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor RAV1-like
产物	AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor RAV1-like
Arabidopsis	`AT1G13260` (RAV1) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837886] identity=64; qcov=1.04; evalue=9.34e-146; confidence=high
Rice	`Os05g0549800` (AP2/EREBP#096) - identity=52.4; qcov=1.1; evalue=9.07e-120; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00847 (AP2); PF02362 (B3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986347

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765722.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765722.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765722.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765722.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057765722.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:15610601`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr5:15610756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr5:15610766`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr5:15610787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B60,B61,B8,C9
`Chr5:15610883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr5:15610967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:15611087`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr5:15611291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr5:15611315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B73,C21,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765722.1

344 aa

172

344

AP2

PF00847 AP2 58-106 aa PF02362 B3 180-279 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765722.1`	Pfam	`PF00847`	AP2	Domain	58	106	7.8e-10	39.6	AP2 domain
`XP_057765722.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	180	279	5.3e-27	94.4	B3 DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909739.1
AATTCGGAATAGTAGTTAATAGGATACACACCTACCCCTCATGAATCTTCCTAGTCCTTACCATCTTAAGGGTTGACCCACCTTACCCACATCTTGCATATCTTCATCTTTTTCTGTTCATTTTTAAAAAATACATGCAGTTGTATTATGAAATATATATAGATGCAAGTATACAAAAAATATTCATTTAATTAACTTGGGGCTACTCCTATATATACGTACTAGTCCCTCATCTCAATAACTCATTTCATTTCACAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986347
ATGGACGGAAGCAGCAGCAGCATAGACGAAAGCACAACCAGTGAATCCATATCGACCACGCCACCGGCACCGCCGCCAGCGGAGAAGCTGTGCCGCGTGGGCAGCGGCGCAAGCGTGATCATCGACGCGGCGGAGAACGGCGTGGAGGCGGAGTCTCGAAAGCTGCCGTCGTCGCGGTTCAAGGGCGTGGTGCCCCAGCCCAACGGCCGGTGGGGCGCCCAAATCTACGAGAAGCACCAGCGCGTGTGGCTCGGCACCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765722.1
MDGSSSSIDESTTSESISTTPPAPPPAEKLCRVGSGASVIIDAAENGVEAESRKLPSSRFKGVVPQPNGRWGAQIYEKHQRVWLGTFNEEEEAARAYDTAAQRFRGRDAVTNFKPLSERRHDDGGVEAAFLNSHSKAEIVDMLRKHTYDDELEQSRRHYGGDKSEGPSCSRAEKAREQLFEKAVTPSDVGKLNRLVIPKQHAEKHFPLQSGNSSKGVLLNFEDSGGKVWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKNLRAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器