Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001664`

染色体: Chr05 坐标: 15753018-15759070 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001664`
名称	SmilChr05G001664
描述	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	15753018 - 15759070 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986330`
GeneID	`130986330`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986330`
原始查询	`SmilChr05G001664`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
产物	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
Arabidopsis	`AT1G25540` (PFT1) phytochrome and flowering time regulatory protein (PFT1) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839141] identity=58.7; qcov=0.803; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0306700` (PFT1) - identity=52.5; qcov=0.803; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005667 (transcription regulator complex); GO:0016592 (mediator complex); GO:0045944 (positive regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG	-
Pfam	PF11265 (Med25_VWA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765700.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057765700.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765700.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765700.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765700.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:15753642`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A21,B126
`Chr5:15753642`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A21,B126
`Chr5:15753643`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr5:15753845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr5:15755593`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr5:15756254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:15756801`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C61
`Chr5:15756801`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C61
`Chr5:15756844`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B74,C25
`Chr5:15756871`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C36
`Chr5:15756871`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C36
`Chr5:15756890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	C38,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765700.1

868 aa

434

868

Med25_VWA

PF11265 Med25_VWA 3-224 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765700.1`	Pfam	`PF11265`	Med25_VWA	Domain	3	224	1.8e-43	149.4	Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909717.1
AAATCCGTCAAATCAATTGAAGGGCGCCCATATTAATCCCAATTCGCTGCTGCGACGAGGTAATCAAAGAGAGGAAGAGAAAACGAAGTAAGCCAATCTGCTAGAAAGGCTGGCGATTGACTGGGGAATTCCGTCGAACACATGGTGGCGAAGCAGTTGATCATTGCTGTTGAAGGCACAGCTGCCATTGGGCCCTTCTGGCAGACTATCGTCTCCGACTACTTAGATAAGATCATTCGATGTTTCTGTGGGAATGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986330
ATGGTGGCGAAGCAGTTGATCATTGCTGTTGAAGGCACAGCTGCCATTGGGCCCTTCTGGCAGACTATCGTCTCCGACTACTTAGATAAGATCATTCGATGTTTCTGTGGGAATGATTCGATGGGTCAGAAGCCATCAACCCCACAAGTGGAGCTATCACTGGTCGTGTTCAACTCGCATGGTCCATACAGTGCTTGCCTCGTGCAGCGGAGTGGTTGGACTAGAGACATGGAATTATTGTTTCACTGGCTCTCAGCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765700.1
MVAKQLIIAVEGTAAIGPFWQTIVSDYLDKIIRCFCGNDSMGQKPSTPQVELSLVVFNSHGPYSACLVQRSGWTRDMELLFHWLSAIPFAGGGFNDAAIAEGLAEALMMFSTSNGNQNQNIESQRHCILVAASNPYPLPTPVYRPQPQHIEQSDNIETPTDNRLSDAEALAKAFAQSAISLSVICPKKLPKLGAIYNAGKSNPRAADPPPDNVKNPHFLVLISDNFMDARAALSRSGMLNLPSNQNPVKMDVTPAGPAPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器