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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001667

染色体: Chr05 坐标: 15798701-15800819 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001667
名称SmilChr05G001667
描述protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向15798701 - 15800819 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986341
GeneID130986341
locus_tag-
NCBI NameLOC130986341
原始查询SmilChr05G001667

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
产物protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
ArabidopsisAT1G25510 (AT1G25510)
Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839137]
identity=64.4; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0140100
-
identity=62.4; qcov=0.834; evalue=9.65e-169; confidence=high
GOGO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00026 (Asp); PF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986341

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057765716.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057765716.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057765716.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765716.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765716.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:15799147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:15799544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr5:15799607 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C15,C42
Chr5:15799607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C42
Chr5:15799759 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:15799900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr5:15799990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B35,B40,C28,C43
Chr5:15800269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C82
Chr5:15800370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765716.1
488 aa
N
1
244
488
Asp
TAXi_N
TAXi_C
C
PF00026 Asp 150-484 aa PF14543 TAXi_N 151-308 aa PF14541 TAXi_C 333-484 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765716.1 Pfam PF00026 Asp Domain 150 484 4e-20 73.2 Eukaryotic aspartyl protease
XP_057765716.1 Pfam PF14543 TAXi_N Domain 151 308 2.1e-48 165.5 Xylanase inhibitor N-terminal
XP_057765716.1 Pfam PF14541 TAXi_C Domain 333 484 8.8e-37 127.1 Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909733.1
AATGCCTCTCTCTCTCTCTCATCAAATTATTAAAAAGAAAAGGCGAGAAATTACACATTAGTACTTGCGATTTAGTTAGTTGCCAGTAATTCAAAGTGTGAGAGACTCTTTTCATGACATGACACTAATTAATTAGAAAGAAAAACTCATGCAAAAGAAGTGAAATCTGATATCCCCAAAATCTAATTACGCCAAATCATATCTAAACAAAACAAAACCTATTTCCTCTCCTCACATTCAAAGCTTCTCGCAGCTTTGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986341
ATGGAGAAATTCGCCGTCTTCTTCGCGTTTTTCTCCGTTTTCGCGGCCTCCGCGCTCTCCAGAACACTCCCGATCAGCTCCAACCCCAATTTCCTCGATGTTTCTGCCACCATTTCCAAGACTCAGGGCTTGTTCTCGCATAATTCCAAAAGCGTACTACCCTCAATGCGCGAGGTACACCACGGGCGGCCGGCGGTTTCTTCCCATTCCGCCCTCAGTTTCGACCTCCACCCGCGGTTGTCAGTCCGCGGAACATCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765716.1
MEKFAVFFAFFSVFAASALSRTLPISSNPNFLDVSATISKTQGLFSHNSKSVLPSMREVHHGRPAVSSHSALSFDLHPRLSVRGTSEKNYKTLTLARLARDSARVKAIQTRLDLVRLGIVKADLTPLEAEVETEKLEGPVISGTSQGSGEYFSRVGVGNPPTQAYMVLDTGSDVNWVQCAPCADCYQQADPIFDPGLSSTFTPLTCDTQQCRSLDVSECRNDTCLYEVSYGDGSYTVGDFVTETVTFGGSQAVDNIAIGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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