Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001691`

染色体: Chr05 坐标: 16062958-16063713 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001691`
名称	SmilChr05G001691
描述	uncharacterized SmilChr05G001691
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	16062958 - 16063713 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025569`
GeneID	`131025569`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025569`
原始查询	`SmilChr05G001691`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=25.2; qcov=0.805; evalue=3.72e-08; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=28.1; qcov=0.765; evalue=3.75e-12; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025569

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811350.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057811350.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811350.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811350.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811350.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:16062977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr5:16062978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C37,D4
`Chr5:16063002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D10
`Chr5:16063002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:16063067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,B70,C10,D11
`Chr5:16063088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:16063098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D8
`Chr5:16063098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr5:16063104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	85	A15,A20,A22,A4,A6,A8,B10,B103,B106,B108,B109,B11,B114,B117,B118,B119,B120,B125,B129,B131,B132,B133,B135,B137,B139,B16,B17,B23,B25,B27,B30,B33,B37,B46,B47,B50,B55,B56,B60,B64,B71,B75,B76,B79,B8,B83,B84,B89,B96,B99,C13,C14,C15,C16,C17,C2,C23,C26,C27,C28,C32,C34,C35,C37,C38,C39,C40,C41,C42,C45,C48,C49,C5,C52,C56,C62,C67,C68,C73,C75,C77,C84,D2,D6,D9
`Chr5:16063150`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr5:16063168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr5:16063192`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811350.1

251 aa

126

251

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 57-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811350.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	57	150	9.4e-20	71.8	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955367.1
ATGGGGGAGTGGGTTGAAGGGGTTTGGAGTTGGAAGTTGGAATGGGAAAGAGAGCTGAGGGGAAGAGAACAAAGCTTACTGACTAACCTTCTTGCTTTACTTCATAATGCTGCTATCTGTGCAGGTAAATCAAGCGGATGGAGATGGAAGCCACATCCTCATGGGAAGTTTTCAGTCAAAACAGCCTATGAAGTCCTCAGCCTCTCAATCGGTTTTAATTCCGGGGAGAAATCTGATCCGGAGATTGGAAATATTTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025569
ATGGGGGAGTGGGTTGAAGGGGTTTGGAGTTGGAAGTTGGAATGGGAAAGAGAGCTGAGGGGAAGAGAACAAAGCTTACTGACTAACCTTCTTGCTTTACTTCATAATGCTGCTATCTGTGCAGGTAAATCAAGCGGATGGAGATGGAAGCCACATCCTCATGGGAAGTTTTCAGTCAAAACAGCCTATGAAGTCCTCAGCCTCTCAATCGGTTTTAATTCCGGGGAGAAATCTGATCCGGAGATTGGAAATATTTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811350.1
MGEWVEGVWSWKLEWERELRGREQSLLTNLLALLHNAAICAGKSSGWRWKPHPHGKFSVKTAYEVLSLSIGFNSGEKSDPEIGNIWKIKAPFKAKMMSWKIFKSRIPTTDNLIRRQIPIPPSEAVCVLCKSQEDNSDHLFFACKKTYEVWLSILSWLGKQAALHCKPRDHFNAFKNIGQKGDVTILESIWTCVVWCIWKARNECKFNNGSWCKDKIVTEIIARVWGWKNAYKIRCTPSDFRSWSLGEQILS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器