Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001695`

染色体: Chr05 坐标: 16137933-16138582 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001695`
名称	SmilChr05G001695
描述	protein NEGATIVE REGULATOR OF RESISTANCE-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	16137933 - 16138582 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986381`
GeneID	`130986381`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986381`
原始查询	`SmilChr05G001695`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NEGATIVE REGULATOR OF RESISTANCE-like
产物	protein NEGATIVE REGULATOR OF RESISTANCE-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0010112 (regulation of systemic acquired resistance)
KEGG	-
Pfam	PF15699 (NPR1_interact)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986381

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765771.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765771.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765771.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765771.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057765771.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:16138277`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr5:16138370`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B79,C9,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765771.1

118 aa

118

NPR1_interact

PF15699 NPR1_interact 38-90 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765771.1`	Pfam	`PF15699`	NPR1_interact	Family	38	90	3.7e-07	31.4	NPR1 interacting

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909788.1
TTCCAACCTTAACAGCATTCTCTCCTCCTTCACAGAGCATCTGCTTTTAATTTTATTCTTTTTCTTTTTTTTACTTTTTGCAAAAGGAAAAGAAGAAAGTTGATTCCTTTGTGCTTCAATTCCGTTATGTCTTCCATGGAAGTAGAGAAGAGAAAACGCAATGATGACGGAGAAACCAACGGGAAACCCCGGGAAGATACAGGCGCTCAGAAGCGGGCGACGCCGCCGCTGCCTCCGGATGAAGAAGTGGAGGAGTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986381
ATGTCTTCCATGGAAGTAGAGAAGAGAAAACGCAATGATGACGGAGAAACCAACGGGAAACCCCGGGAAGATACAGGCGCTCAGAAGCGGGCGACGCCGCCGCTGCCTCCGGATGAAGAAGTGGAGGAGTTCTTCGCTATAGTGAAGAGAATTCGGGTGGCGCTCAAGTACTTCCAGAGGCGTGACGGCGTCAGGTGCGTTGGCGGTGAGGCGGCGGCGAAGCCTACCTGGAGCCCGTCGTTCGAACGTGAGGACTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765771.1
MSSMEVEKRKRNDDGETNGKPREDTGAQKRATPPLPPDEEVEEFFAIVKRIRVALKYFQRRDGVRCVGGEAAAKPTWSPSFEREDFDGVKPDPEGSRVHEKTGLDLNSHPVSDASDSV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器