Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001701`

染色体: Chr05 坐标: 16213345-16214490 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001701`
名称	SmilChr05G001701
描述	uncharacterized SmilChr05G001701
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	16213345 - 16214490 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025571`
GeneID	`131025571`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025571`
原始查询	`SmilChr05G001701`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=27.3; qcov=0.944; evalue=3.44e-27; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=29.6; qcov=1.11; evalue=4.12e-38; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025571

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057811352.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811352.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057811352.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811352.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811352.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:16213346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr5:16213357`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A20,B41,C12,C30,C33,C51,D7
`Chr5:16213363`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr5:16213374`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr5:16213382`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B4,B47
`Chr5:16213382`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B4,B47
`Chr5:16213398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B122,B26,B78,C61
`Chr5:16213400`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	B117,B120,B2,B49,B79,B84,C10,C60,C77,D10,D2,D5
`Chr5:16213402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B83,C45,C48,C8
`Chr5:16213416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,C40
`Chr5:16213417`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C45
`Chr5:16213480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B100,B103,B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811352.1

306 aa

153

306

MULE

PF10551 MULE 32-85 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811352.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	32	85	8.5e-09	36.4	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955369.1
ATGGATTTGGAAGTAGACGAAAACAACCGGTTCAAACATCTGTTTCTTGCTCTTGCGGCTTCCATCACACCTTTCTTCTTTTCGCTTCGACCAGTGATTGTGGTCGACGGCACACACTTGAAGGGGAAGAACAATGGTATTTTGTTCGTCGCCGTGACAAAAGACGCAAACGAGCAAGTTTTTCCGTTAGCATTTGGTGTCGGGCCGATCGAGAATGATGAGTCATGGAAGTGGTTCCTCTCAAATAACAAAATTAAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025571
ATGGATTTGGAAGTAGACGAAAACAACCGGTTCAAACATCTGTTTCTTGCTCTTGCGGCTTCCATCACACCTTTCTTCTTTTCGCTTCGACCAGTGATTGTGGTCGACGGCACACACTTGAAGGGGAAGAACAATGGTATTTTGTTCGTCGCCGTGACAAAAGACGCAAACGAGCAAGTTTTTCCGTTAGCATTTGGTGTCGGGCCGATCGAGAATGATGAGTCATGGAAGTGGTTCCTCTCAAATAACAAAATTAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811352.1
MDLEVDENNRFKHLFLALAASITPFFFSLRPVIVVDGTHLKGKNNGILFVAVTKDANEQVFPLAFGVGPIENDESWKWFLSNNKIKGYGQAVVELFRQAAYAYTDSEFSLAMSAMAQLKPAAYGKLMRVGPEKWARSQSPVTRYSFLTSNAAEALNARLLWARRLPICSMLEAIRMVLEQWFNDRLASAEESDDLLTPEATQKISAEISKSRRYTAKRTSERKYRVRAGDRRFMVDLQAKSCECNEFDLDGMPEAKEPVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器