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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001705

染色体: Chr05 坐标: 16288426-16289947 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001705
名称SmilChr05G001705
描述uncharacterized SmilChr05G001705
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向16288426 - 16289947 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986367
GeneID130986367
locus_tag-
NCBI NameLOC130986367
原始查询SmilChr05G001705

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986367

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057765747.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057765747.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057765747.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057765747.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765747.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:16288528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B30,C72,C73,D4
Chr5:16288537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr5:16288544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr5:16288574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B10,C33,C63,D3
Chr5:16288577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B79,B83,C84
Chr5:16288581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B65,C49
Chr5:16288582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr5:16288587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:16288596 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C25
Chr5:16288596 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C25
Chr5:16288598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B10,C33,C63
Chr5:16288599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909764.1
ATGGGTGAACAAACTTCTCTCTGTAAATTTGGTGATTCTACCGAAGAATCACCAGATCCGTTGCCATCTCCGATCAATATCTGTAAATCCGATGATTTCACCGATTATTCACTGGATTCGATGATGGTGCCTCGTTTTTTCGGTGATACGGCGCCGCTGACGATGTCCGAACCCACGTTTTCAGATGTGGTGACGGCGACCCACACTGAAATTATGTCCTTTCCGGCTTGGGCTTTGGAGCCGGACACTGTCGTGCCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986367
ATGGGTGAACAAACTTCTCTCTGTAAATTTGGTGATTCTACCGAAGAATCACCAGATCCGTTGCCATCTCCGATCAATATCTGTAAATCCGATGATTTCACCGATTATTCACTGGATTCGATGATGGTGCCTCGTTTTTTCGGTGATACGGCGCCGCTGACGATGTCCGAACCCACGTTTTCAGATGTGGTGACGGCGACCCACACTGAAATTATGTCCTTTCCGGCTTGGGCTTTGGAGCCGGACACTGTCGTGCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765747.1
MGEQTSLCKFGDSTEESPDPLPSPINICKSDDFTDYSLDSMMVPRFFGDTAPLTMSEPTFSDVVTATHTEIMSFPAWALEPDTVVPETPQDLVAVDGESELDLAVDGFVQDEEGRPFDTVVPETEGDLAVDGFVLDEEGRPFDTVVPETEGDLAVDGFVLDEEGRPLDMVVPETEGDLEPETVVPEPFDNWRG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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