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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001710

染色体: Chr05 坐标: 16353818-16357064 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001710
名称SmilChr05G001710
描述universal stress protein A-like protein
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向16353818 - 16357064 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986374
GeneID130986374
locus_tag-
NCBI NameLOC130986374
原始查询SmilChr05G001710

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述universal stress protein A-like protein
产物universal stress protein A-like protein
ArabidopsisAT1G68300 (AT1G68300)
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843159]
identity=59.5; qcov=0.975; evalue=4.69e-59; confidence=high
RiceOs01g0511100
-
identity=50.3; qcov=1; evalue=3.59e-48; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00582 (Usp)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986374

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057765762.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057765760.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057765760.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765760.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765760.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:16353986 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B119
Chr5:16353986 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B119
Chr5:16354066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr5:16354652 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr5:16354652 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr5:16354659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr5:16355520 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B140,B21
Chr5:16355520 GA G 1bp_deletion CDS_variant 2 B140,B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765760.1
172 aa
N
1
86
172
Usp
C
PF00582 Usp 7-154 aa
XP_057765761.1
172 aa
N
1
86
172
Usp
C
PF00582 Usp 7-154 aa
XP_057765762.1
161 aa
N
1
80
161
Usp
C
PF00582 Usp 7-154 aa
XP_057765763.1
157 aa
N
1
78
157
Usp
C
PF00582 Usp 7-154 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765760.1 Pfam PF00582 Usp Domain 7 154 4.7e-32 112.2 Universal stress protein family
XP_057765761.1 Pfam PF00582 Usp Domain 7 154 4.7e-32 112.2 Universal stress protein family
XP_057765762.1 Pfam PF00582 Usp Domain 7 154 3.6e-32 112.5 Universal stress protein family
XP_057765763.1 Pfam PF00582 Usp Domain 7 154 3.3e-32 112.7 Universal stress protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909777.1
CTCTTTCCAGCGTATTCTACGTGAATCCAATTAGATTTCCGACACATGTAATCACAATTTAATGTTATTACAGCACTTAGATTCCAATAGAATCCTCTATAGAAAAAAGAAATCACTTTGAAAGAGAATTGAGTTGAAGAAAAATCAAGAAATGGATAAAAGCAGAGGTAAGAAGGTAATGGTGGCGATCGATGAAAGCGAGTTCAGCCTCTATGCTCTGGACTGGACCCTCCAGAATCTTCGAGAAACTCTAGAAGATT...
XM_057909778.1
CTCTTTCCAGCGTATTCTACGTGAATCCAATTAGATTTCCGACACATGTAATCACAATTTAATGTTATTACAGCACTTAGATTCCAATAGAATCCTCTATAGAAAAAAGAAATCACTTTGAAAGAGAATTGAGTTGAAGAAAAATCAAGAAATGGATAAAAGCAGAGGTAAGAAGGTAATGGTGGCGATCGATGAAAGCGAGTTCAGCCTCTATGCTCTGGACTGGACCCTCCAGAATCTTCGAGAAACTCTAGAAGATT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986374
ATGGATAAAAGCAGAGGTAAGAAGGTAATGGTGGCGATCGATGAAAGCGAGTTCAGCCTCTATGCTCTGGACTGGACCCTCCAGAATCTTCGAGAAACTCTAGAAGATTCCAAGCTCGTCATCTTCACTGCTCAGTCCGTCTCCGATTTCGGTTATCTCTATGCCTCATCGTATGGAGCTGCACCTATTGAATTAGTTAGTTCTGTGCAAGAACACAATAAGAAGATTGCTGAAGCTTTGTTGGAGAAAACCAAGGGCAT...
LOC130986374
ATGGATAAAAGCAGAGGTAAGAAGGTAATGGTGGCGATCGATGAAAGCGAGTTCAGCCTCTATGCTCTGGACTGGACCCTCCAGAATCTTCGAGAAACTCTAGAAGATTCCAAGCTCGTCATCTTCACTGCTCAGTCCGTCTCCGATTTCGGTTATCTCTATGCCTCATCGTATGGAGCTGCACCTATTGAATTAGTTAGTTCTGTGCAAGAACACAATAAGAAGATTGCTGAAGCTTTGTTGGAGAAAACCAAGGGCAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057765760.1
MDKSRGKKVMVAIDESEFSLYALDWTLQNLRETLEDSKLVIFTAQSVSDFGYLYASSYGAAPIELVSSVQEHNKKIAEALLEKTKGICSQYGVTAITVTEVGEPKEVICEAVEKLKIDLLVVGSHGRRGLQRVFLGSVSNYCVHNAKCHVLVVKKNDRTLLLSLQMHICSNK
XP_057765761.1
MDKSRGKKVMVAIDESEFSLYALDWTLQNLRETLEDSKLVIFTAQSVSDFGYLYASSYGAAPIELVSSVQEHNKKIAEALLEKTKGICSQYGVTAITVTEVGEPKEVICEAVEKLKIDLLVVGSHGRRGLQRVFLGSVSNYCVHNAKCHVLVVKKNDRTLLLSLQMHICSNK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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