当前解析结果
SmilChr05G001711| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001711 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001711 |
| 描述 | endonuclease 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 16355215 - 16356949 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986360 |
|---|---|
| GeneID | 130986360 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986360 |
| 原始查询 | SmilChr05G001711 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | endonuclease 2-like |
| 产物 | endonuclease 2-like |
| Arabidopsis | AT1G68290 (ENDO2)endonuclease 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843158] identity=64.2; qcov=1.01; evalue=9.69e-135; confidence=high |
| Rice | Os01g0128100- identity=68.3; qcov=0.947; evalue=4.98e-135; confidence=high |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004519 (endonuclease activity); GO:0006308 (DNA catabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02265 (S1-P1_nuclease) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986360 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057765735.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057765735.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057765735.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765735.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765735.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:16355544 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr5:16355948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,B140,C85 |
Chr5:16356079 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr5:16356123 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C43 |
Chr5:16356123 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr5:16356658 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr5:16356872 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C20 |
Chr5:16356872 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765735.1PF02265
S1-P1_nuclease 24-286 aa
XP_057765737.1PF02265
S1-P1_nuclease 24-282 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765735.1 |
Pfam | PF02265 |
S1-P1_nuclease | Domain | 24 | 286 | 3.6e-80 | 270.2 | S1/P1 Nuclease |
XP_057765737.1 |
Pfam | PF02265 |
S1-P1_nuclease | Domain | 24 | 282 | 3.5e-82 | 276.8 | S1/P1 Nuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。