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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001713

染色体: Chr05 坐标: 16401731-16403122 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001713
名称SmilChr05G001713
描述uncharacterized SmilChr05G001713
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向16401731 - 16403122 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986358
GeneID130986358
locus_tag-
NCBI NameLOC130986358
原始查询SmilChr05G001713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843173]; symbol=AT1G68440; hit=AT1G68440; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843173]; symbol=AT1G68440; hit=AT1G68440; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G68440 (AT1G68440)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843173]
identity=32.7; qcov=1.06; evalue=1.14e-30; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057765733.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057765733.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057765733.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057765733.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765733.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:16402052 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 211 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B129,B130,B131,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B140,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B48,B49,B50,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C73,C74,C76,C77,C78,C8,C81,C83,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D5,D6,D7,D8,D9
Chr5:16402073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:16402080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B61,B91,C60
Chr5:16402137 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 37 A3,A6,A8,B103,B105,B112,B115,B125,B130,B131,B22,B25,B33,B36,B44,B45,B46,B60,B62,B74,B85,B88,B90,C12,C17,C18,C2,C22,C31,C46,C52,C61,C69,C75,C79,C80,D10
Chr5:16402141 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B104,B7
Chr5:16402141 T TGG 2bp_insertion CDS_variant 2 B104,B7
Chr5:16402145 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C18
Chr5:16402145 G GGA 2bp_insertion CDS_variant 1 C18
Chr5:16402213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,C24,C29,C32,C68
Chr5:16402223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr5:16402226 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 20 B109,B120,B15,B37,B51,B56,B57,B7,B76,B83,B95,C21,C5,C52,C72,C73,C75,C84,D2,D4
Chr5:16402413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909750.1
AATTAAATGTTATTATCAACCAAACCCCCTTTTTAAAATACCATTATTTAACACAGCCATCTGTCTCTGTCTGGGTACCATTGATTATTATATATACAGCTTACCATCCTCCCACAACCTCTCCTCCATCTCTCTTTCCCCCTCTCTCCGTAAACAGTTCAGCAAAAGCGAATTCTTATTCATCTTTTCTTCCAAACCATCACACACAGAAAAAGGGGCTAAATCCCCACCTCAGATTACACCTGCAGCTAGCTGTAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986358
ATGGAAATCCCAGAGATAAACATGTTGTGCGATTTCGAAGCAGGAATCAAATGCCTGCAAAATCCGTCTGTCAACTCCCGTATCTTTTCATTTCCAACCTTCTGGAAATGGGGCGCTTTGATTTTTGCGATTTTTGCTACTTTTAGTAGCATAATTAAAAGAATTAAGCTTATTTTCATTCGTTTCCATACTGTAAAACCTTGTTTCAATCAAACCGAAGACGTCTTCGAGTTCAGCGACGACGACGACGTATCGCTAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765733.1
MEIPEINMLCDFEAGIKCLQNPSVNSRIFSFPTFWKWGALIFAIFATFSSIIKRIKLIFIRFHTVKPCFNQTEDVFEFSDDDDVSLASSDDEQEGEEDHPTATNRGQHRVDEDFCVRGSILSYKSQSQSGQLRQRRRRSTSGGVWSEFACGKNVVKLWDSLGFSLDIDEDLFNYDTNSVVSTWDCHQGEKTSEFSWGIPVAAPTVLLTAESNEKGDGVILGGYDTRMRSSVPALFAEWKSPAENVGGVSTAGVSKVYVRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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