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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001721`

染色体: Chr05 坐标: 16485265-16487426 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001721`
名称	SmilChr05G001721
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	16485265 - 16487426 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986339`
GeneID	`130986339`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986339`
原始查询	`SmilChr05G001721`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230-like
Arabidopsis	`AT1G13410` (AT1G13410) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837901] identity=60.3; qcov=0.811; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0555400` - identity=37.1; qcov=1.02; evalue=4.11e-116; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986339

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057765715.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765715.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765715.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765715.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765715.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:16485437`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr5:16485544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr5:16485618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,A21,B17,B41
`Chr5:16485619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B14
`Chr5:16485792`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr5:16485872`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B38,B39
`Chr5:16485987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B130,B50,C31
`Chr5:16486023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr5:16486039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B82,B85,B86,C54
`Chr5:16486051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B40,B84
`Chr5:16486220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr5:16486234`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765715.1

519 aa

260

519

PPR

PPR_1

PPR_2

PPR

PPR_3

PPR_2

PPR

E_motif

PF01535 PPR 97-124 aa PF01535 PPR 128-156 aa PF12854 PPR_1 157-184 aa PF13041 PPR_2 157-188 aa PF01535 PPR 160-188 aa PF01535 PPR 190-218 aa PF01535 PPR 262-291 aa PF13812 PPR_3 287-337 aa PF13041 PPR_2 289-337 aa PF01535 PPR 292-321 aa PF20431 E_motif 410-469 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	97	124	2.9e-56	184.6	PPR repeat
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	128	156	2.9e-56	184.6	PPR repeat
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	157	184	2.9e-28	98.0	PPR repeat
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	157	188	1.6e-57	192.1	PPR repeat family
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	160	188	2.9e-56	184.6	PPR repeat
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	190	218	2.9e-56	184.6	PPR repeat
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	262	291	2.9e-56	184.6	PPR repeat
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	287	337	4.5e-19	69.0	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	289	337	1.6e-57	192.1	PPR repeat family
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	292	321	2.9e-56	184.6	PPR repeat
`XP_057765715.1`	Pfam	`PF20431`	E_motif	Repeat	410	469	2.4e-18	66.8	E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909732.1
CTATTGTAATTCTTTTTTTAGACACCGTTCCTTAATTTAAGAATAAATTTACAAATCAAAATTCCAAACATAGCGTATTTTTCTCCAAAAGAATTGTCGCTTATTACAGACTTCATTATTTTTGAATTAATCTTTTATATTTAGCTTTGGTAATTGATTCTCAATTATCGTCCAAGTTTCCAAATTCGAAATCTTTTCAGATCACAAAATAGCTATACCTGCTGCAAACTTGGCTTCAGACATTGCTCGTATCTTCGAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986339
ATGTCGAAAGGGTATCTCCAAAATGATGCCTTGAGTGAAGTGGCGGTGTTGTTCTGTGACATGATAAGGGAGAATGTGAGTCCCAATTGTTACACATTGCCGGCGGTGCTAAAGTCGTGCTGCAAGTCATCGTCTTGGAAAGAAGGAGAGCAGGTGCATTGCATCGCAGTCAAGAATGGTTTCATTTCGAATACTTATGTTGGTACTAATTTGATTGAGTTGTATTCGGGCGCGGGGCGTCTGGTGTGTGCATACAGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765715.1
MSKGYLQNDALSEVAVLFCDMIRENVSPNCYTLPAVLKSCCKSSSWKEGEQVHCIAVKNGFISNTYVGTNLIELYSGAGRLVCAYRAFTEMVDRNVVSWTAMITGYVANGDLVSARRLFDLAPERDVVLWNRMVSVHIDLGDMVEAKRLFDMMPCKDLMSYNTLLNGYAKNGDVEGCERLFESMQERNYFSWNGLIGAYAHNGRFLEVLDAFKRMLKETNVQPNDATLVNVLAACARLGDLDFGKKVHKYAEEYGYEGNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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