Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001730`

染色体: Chr05 坐标: 16713460-16715127 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001730`
名称	SmilChr05G001730
描述	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 16-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	16713460 - 16715127 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986400`
GeneID	`130986400`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986400`
原始查询	`SmilChr05G001730`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 16-like
产物	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 16-like
Arabidopsis	`AT1G25440` (BBX15) B-box type zinc finger protein with CCT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839130] identity=45.9; qcov=1; evalue=5.33e-100; confidence=high
Rice	`Os06g0264200` (OsBBX17) - identity=42.7; qcov=1.05; evalue=1.88e-81; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00643 (zf-B_box); PF06203 (CCT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765776.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765776.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765776.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765776.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057765776.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:16713782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B84,C24
`Chr5:16713932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr5:16713942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C36
`Chr5:16714021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B60,C9
`Chr5:16714028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B54,C24,C40
`Chr5:16714045`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B33,B58
`Chr5:16714245`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B136,B55,C17
`Chr5:16714245`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B136,B55,C17
`Chr5:16714543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:16714611`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B130,B94,C14,C62,D10
`Chr5:16714757`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr5:16714766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765776.1

430 aa

215

430

zf-B_box

CCT

PF00643 zf-B_box 17-60 aa PF06203 CCT 374-416 aa

XP_057765777.1

427 aa

214

427

zf-B_box

CCT

PF00643 zf-B_box 17-60 aa PF06203 CCT 371-413 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765776.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	17	60	1.3e-08	35.5	B-box zinc finger
`XP_057765776.1`	Pfam	`PF06203`	CCT	Motif	374	416	3.2e-17	63.0	CCT motif
`XP_057765777.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	17	60	1.3e-08	35.6	B-box zinc finger
`XP_057765777.1`	Pfam	`PF06203`	CCT	Motif	371	413	3.2e-17	63.0	CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909794.1
ATAATTGCACTAAAAATTTGAACTTCTGTACATAAACAGAAAATCTCACACATTTTTTTCTCGCCTTTCGCCTTGCAGCCTTTCACTTCGATTTTATTGCTTTATTTCTTTTTTCCTAATTGTTCATACACACACACATACACACTCTTATATATATAGACGTACCAAAAAAAAAAAGAAACTCAATGGTTTCTTTAGAAAGAAAATTGGCTAACATTGTTGGAGGCAAATCAGCTAGGGCTTGCGACAATTGTGTTAGA...

XM_057909793.1
CATAAACAGAAAATCTCACACATTTTTTTCTCGCCTTTCGCCTTGCAGCCTTTCACTTCGATTTTATTGCTTTATTTCTTTTTTCCTAATTGTTCATACACACACACATACACACTCTTATATATATAGACGTACCAAAAAAAAAAAGAAACTCAATGGTTTCTTTAGAAAGAAAATTGGCTAACATTGTTGGAGGCAAATCAGCTAGGGCTTGCGACAATTGTGTTAGAAAACGTGCTACATGGTATTGCACTGCCGAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130986400
ATGGTTTCTTTAGAAAGAAAATTGGCTAACATTGTTGGAGGCAAATCAGCTAGGGCTTGCGACAATTGTGTTAGAAAACGTGCTACATGGTATTGCACTGCCGACGACGCATTCCTATGCCAATCATGCGACTCCACGGTCCATTCTGCGAACCCTCTGGCCCGCAGGCACGAGAGGGTTCGCCTCAAGACCGTGTCGTCGCTCAAAACCTTTGGCGACGGACTCAGAATCTCCGTGCCCGCCTGGCACCGGGGGTTCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057765776.1
MVSLERKLANIVGGKSARACDNCVRKRATWYCTADDAFLCQSCDSTVHSANPLARRHERVRLKTVSSLKTFGDGLRISVPAWHRGFTRKARTPRKGKHAKYGPADGLVSSSRTHVVPEISGEEHSHDESNEEQLLYRVPIFDPSVAELCISVNSNESANGNPNDGEITPGSGPGSKPEFNEFSEDDMAHVHGFLPSEMDLAEFAADVESLLGKGLDDEAFDIEGLGILDDERERESCLGSERVKVEDEEIDHLNIDGEYI...

XP_057765777.1
MVSLERKLANIVGGKSARACDNCVRKRATWYCTADDAFLCQSCDSTVHSANPLARRHERVRLKTVSSLKTFGDGLRISVPAWHRGFTRKARTPRKGKHAKYGPADGLVSSSRTHVVPEISGEEHSHDESNEEQLLYRVPIFDPSVAELCISVNSNESANGNPNDGEITPGSGPGSKPEFNEFSEDDMAHVHGFLPSEMDLAEFAADVESLLGKGLDDEAFDIEGLGILDDERERESCLGSERVKVEDEEIDHLNIDGEYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器