Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001738

染色体: Chr05 坐标: 16784693-16785869 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001738
名称SmilChr05G001738
描述zinc finger protein GIS3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向16784693 - 16785869 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986408
GeneID130986408
locus_tag-
NCBI NameLOC130986408
原始查询SmilChr05G001738

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein GIS3-like
产物zinc finger protein GIS3-like
ArabidopsisAT1G68360 (AT1G68360)
C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843165]
identity=45.5; qcov=1.22; evalue=3.99e-54; confidence=high
RiceOs01g0132766
-
identity=43.5; qcov=0.99; evalue=3.21e-25; confidence=medium
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway); GO:0009740 (gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0010026 (trichome differentiation); GO:0010090 (trichome morphogenesis)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986408

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765785.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765785.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765785.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765785.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057765785.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:16785169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A5,B101,B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909802.1
TGAATTACAAATTAGTTAAGGATGAAAAAGAAAAAGGCGTTGAGATGATAATGTGAAGAAGAGAAGGAGAAACTCGGAAATATGATGTTGATCGAAAGACAAATGCAATCCATTGGGTCCCCAAGTGCTCCTAGGGATGTCCGCACCGCAACCATCTCTCTCTCACACACTCACACTCACACTCACACTCACACTCCCACATAAATTAAGTTGTATAAATACCCCACCCCACACATGCAAGAATCGCCTTATAAAACCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986408
ATGTATAGCATGGCGGAGCTGGGCTACGAAAACAAGCCATGCAACGCGCCCTTAAAGCTATTCGGCTTCAACGTCACGGAAGATCAAGACGAGGCCGGCAAGACGCCGTCGGGATCACCGGAGCCCGCGGCGGCGGACGGCCGCAAGTACGAGTGCCAGTACTGCTGCCGCCAGTTCGCCAACTCGCAGGCCCTGGGCGGCCACCAGAACGCCCACAAGAAGGAGCGGCAGCAGTTCAAGCGGGCGCAAATGCAGGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765785.1
MYSMAELGYENKPCNAPLKLFGFNVTEDQDEAGKTPSGSPEPAAADGRKYECQYCCRQFANSQALGGHQNAHKKERQQFKRAQMQATRNAAVSYMRNPIVSAFTPPSHLLAPAATSTPSWVYVPRSAPPFHVSHGCVFPPSTSGRGAYTAAAADSSIGPPQPVMAQNGSLDGPSLSRFSSDGPNFDDAFGLDLHLSLAPAAP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器