当前解析结果
SmilChr05G001760| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001760 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001760 |
| 描述 | PR5-like receptor kinase |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 17306111 - 17308162 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986425 |
|---|---|
| GeneID | 130986425 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986425 |
| 原始查询 | SmilChr05G001760 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | PR5-like receptor kinase |
| 产物 | PR5-like receptor kinase |
| Arabidopsis | AT1G70250 (AT1G70250)receptor serine/threonine kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843361] identity=54.8; qcov=0.974; evalue=1.82e-131; confidence=high |
| Rice | Os04g0177000 (OsRLCK132)- identity=54.5; qcov=0.94; evalue=3.22e-137; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986425 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057765813.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765813.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765813.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765813.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765813.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:17306478 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 56 | A13,A24,A3,A4,B100,B105,B107,B115,B121,B125,B126,B128,B133,B16,B20,B3,B32,B46,B48,B51,B52,B53,B61,B62,B65,B67,B7,B73,B77,B78,B79,B80,B81,B89,C11,C13,C16,C19,C25,C26,C3,C30,C42,C48,C49,C50,C55,C57,C62,C69,C77,C80,C86,C87,D1,D4 |
Chr5:17307077 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr5:17307317 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A25 |
Chr5:17307646 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B70 |
Chr5:17308044 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C12,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765813.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 78-355 aa
PF00069
Pkinase 79-353 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765813.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 78 | 355 | 2.5e-44 | 152.2 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057765813.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 79 | 353 | 6.2e-47 | 160.9 | Protein kinase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。