当前解析结果
SmilChr05G001761| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001761 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001761 |
| 描述 | PR5-like receptor kinase |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 17320208 - 17321899 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986427 |
|---|---|
| GeneID | 130986427 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986427 |
| 原始查询 | SmilChr05G001761 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | PR5-like receptor kinase |
| 产物 | PR5-like receptor kinase |
| Arabidopsis | AT1G70250 (AT1G70250)receptor serine/threonine kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843361] identity=53.2; qcov=0.977; evalue=6.26e-130; confidence=high |
| Rice | Os04g0177000 (OsRLCK132)- identity=54.3; qcov=0.943; evalue=1.21e-138; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986427 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057765814.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765814.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765814.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765814.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765814.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:17320729 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:17320782 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B73,C21,C31,D11 |
Chr5:17320824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B64 |
Chr5:17320846 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B11,C34 |
Chr5:17320879 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,A5,B23,B9 |
Chr5:17321036 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,C21 |
Chr5:17321041 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr5:17321070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B59,B62,C39,C45,C47 |
Chr5:17321105 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,B89 |
Chr5:17321128 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,B73,C21 |
Chr5:17321131 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr5:17321140 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765814.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 77-354 aa
PF00069
Pkinase 78-352 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765814.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 77 | 354 | 2.1e-43 | 149.2 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057765814.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 78 | 352 | 7.3e-46 | 157.4 | Protein kinase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。