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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001768

染色体: Chr05 坐标: 17393084-17393548 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001768
名称SmilChr05G001768
描述zinc finger protein 4-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向17393084 - 17393548 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025586
GeneID131025586
locus_tag-
NCBI NameLOC131025586
原始查询SmilChr05G001768

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein 4-like
产物zinc finger protein 4-like
ArabidopsisAT1G68360 (AT1G68360)
C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843165]
identity=73; qcov=0.409; evalue=2.42e-25; confidence=low
RiceOs01g0512700
-
identity=78.7; qcov=0.305; evalue=1.88e-20; confidence=low
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway); GO:0009740 (gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0010026 (trichome differentiation); GO:0010090 (trichome morphogenesis)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025586

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811368.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811368.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811368.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811368.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811368.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:17393090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C69
Chr5:17393129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B56,C34,C71
Chr5:17393151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C61
Chr5:17393161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B23,B75,C28
Chr5:17393185 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 8 A7,B134,B33,B42,C21,C25,C32,C37
Chr5:17393201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr5:17393231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B113,B14
Chr5:17393249 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B113
Chr5:17393249 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B113
Chr5:17393279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B31,C28
Chr5:17393297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B51
Chr5:17393301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955385.1
ATGAATGACAAAGTGTATCCATCAGCGAAGCCCACTGCCAACGGCGGCGGCGGCGCTCCCACCGCGGCGAACCCGGCGTTCCCGGCGAACAAAGCGCAGTTCTACAACTCCCCTCGGCCGACCACCGCCGCGGCTGCTGCTGCTCGTGCTGCCTCTGGTCGACTCTGCCGATCCTCCTCCACCTTGAAAGATTCCGAGTTCCCCGCCTCCGACGGCCGGAAATACGAGTGTCAATACTGCTGCCGCGAGTTCGCCAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025586
ATGAATGACAAAGTGTATCCATCAGCGAAGCCCACTGCCAACGGCGGCGGCGGCGCTCCCACCGCGGCGAACCCGGCGTTCCCGGCGAACAAAGCGCAGTTCTACAACTCCCCTCGGCCGACCACCGCCGCGGCTGCTGCTGCTCGTGCTGCCTCTGGTCGACTCTGCCGATCCTCCTCCACCTTGAAAGATTCCGAGTTCCCCGCCTCCGACGGCCGGAAATACGAGTGTCAATACTGCTGCCGCGAGTTCGCCAACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811368.1
MNDKVYPSAKPTANGGGGAPTAANPAFPANKAQFYNSPRPTTAAAAAARAASGRLCRSSSTLKDSEFPASDGRKYECQYCCREFANSQALGDHQNAHKKERQQLKRAQLQASRDAAASYMRNPMVSPLTADSLHAIHNLKARQQYKRNYKGVLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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