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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001775

染色体: Chr05 坐标: 17468120-17471720 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001775
名称SmilChr05G001775
描述uncharacterized SmilChr05G001775
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向17468120 - 17471720 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986451
GeneID130986451
locus_tag-
NCBI NameLOC130986451
原始查询SmilChr05G001775

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AT2G01260; symbol=AT2G01260; hit=AT2G01260; species=arabidopsis; confidence=high
产物AT2G01260; symbol=AT2G01260; hit=AT2G01260; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G01260 (AT2G01260)
-
identity=53.2; qcov=1.02; evalue=1.99e-119; confidence=high
RiceOs01g0513400
-
identity=47.1; qcov=1.02; evalue=1.13e-100; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05623 (DUF789)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986451

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765846.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057765846.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057765846.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765846.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765846.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:17468680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:17469543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B65,B68
Chr5:17469675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B77,C60,C71
Chr5:17469740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B41,C28
Chr5:17471083 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B11,B15,B60,C39
Chr5:17471083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B15,B60,C39
Chr5:17471106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B59,B69,B9,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765846.1
385 aa
N
1
192
385
DUF789
C
PF05623 DUF789 70-382 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765846.1 Pfam PF05623 DUF789 Family 70 382 7.7e-104 348.2 Protein of unknown function (DUF789)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909863.1
TGACGTTCTCTCCTTCCCGTCCTACCATCCACTCGCTCACTTTTCCTCTCTCTACACCCACACATACGTCCGCTATTTCTCTCTCTAAACAGACGCATACATTATACATACTTACTAGTAGTCTCTGTGTATATCTATTCTTATACCTCCTTGAGTCCCTCTCTCTTTCTCTGTAGAACTTGCCATTGATGATTTGATCCGAGATTACTAACATTGCTCTGCGCTAACTAGATTCCGCAGCTACTAGCCCAGGAGATACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986451
ATGTTGGGGGCAGGAGTGCAGTTCAATAGGAGTAGAAACGGCGACGATCGGTTTTACAGCGCCGCCAAGGCTCGCCGGAGCCAAAATTTCATGCGGAGAGCTCAGAGTCAGAGCGATTTCAGCTCGGGGCTGAGCCGGCGCGATGAGTTGCCGCAGGAGAAGTCCGTACCGGAGTCTCCGGCGCCGGCGGCTGAATCCTCATCTCTGTGTAATCTAGAGAGGTTTTTGGAATCAGTCGCGCCTTCGGTCCAAGCTCAGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765846.1
MLGAGVQFNRSRNGDDRFYSAAKARRSQNFMRRAQSQSDFSSGLSRRDELPQEKSVPESPAPAAESSSLCNLERFLESVAPSVQAQYLSKMTVRDWRTCNVEFQPYFVLSDLWVAFKEWSAYGAGVPLLLNDSDSVVQYYVPYLSGIQLYADLSKSTTKLRRLGEESDGESFRDSSSDGSSDSELDRGGSSYSGDKSLRVDPSPLREHHMEFQEGFSSDEGESVSSEGSLLFEYLARDQPYCREPLADKISDLACEFPEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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