Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001777

染色体: Chr05 坐标: 17475644-17476285 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001777
名称SmilChr05G001777
描述non-specific lipid-transfer protein 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向17475644 - 17476285 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986452
GeneID130986452
locus_tag-
NCBI NameLOC130986452
原始查询SmilChr05G001777

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述non-specific lipid-transfer protein 2-like
产物non-specific lipid-transfer protein 2-like
ArabidopsisAT3G18280 (AT3G18280)
Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821356]
identity=56.5; qcov=0.979; evalue=9.66e-34; confidence=medium
RiceOs05g0550300 (OsLTP2.4)
-
identity=60.6; qcov=0.702; evalue=7.02e-27; confidence=medium
GOGO:0006869 (lipid transport)
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986452

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057765848.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057765848.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765848.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765848.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765848.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:17476055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C16
Chr5:17476115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B73,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765848.1
94 aa
N
1
47
94
LTP_2
Tryp_alpha_amyl
C
PF14368 LTP_2 13-90 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 31-94 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765848.1 Pfam PF14368 LTP_2 Family 13 90 4.4e-07 30.6 Probable lipid transfer
XP_057765848.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 31 94 1.3e-09 38.9 Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909865.1
CAAACAAATTCCTCACATCCAACATACACACACACTCTCTCTCACATCCAACCCCATAAACACACACACGACTTACAAAACACAAAACAAACAAACCAAAAAATGAGCACCAAAACAGCATGCCTAGCAATTCTTGCAGTAGCAATACTAGTTGTTGCCCAAGTAGAGGTGGCGAGCGGCGTGACCTGCAACCCGCTGCAGCTGAGCCCCTGCGCATCGGCGATCACGTCGTCGGGGAAGCCCAGCGGCGCCTGCTGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986452
ATGAGCACCAAAACAGCATGCCTAGCAATTCTTGCAGTAGCAATACTAGTTGTTGCCCAAGTAGAGGTGGCGAGCGGCGTGACCTGCAACCCGCTGCAGCTGAGCCCCTGCGCATCGGCGATCACGTCGTCGGGGAAGCCCAGCGGCGCCTGCTGCGCCAAGCTGAAGGAGCAGAGGCCATGTCTGTGCCAGTACATGAGGAATCCCAATCTACAGAAGTTCATTAAGTCTCCTGGTGCAAAGAAAGTTTCCAGTGCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765848.1
MSTKTACLAILAVAILVVAQVEVASGVTCNPLQLSPCASAITSSGKPSGACCAKLKEQRPCLCQYMRNPNLQKFIKSPGAKKVSSACHIPYPKC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器