当前解析结果
SmilChr05G001784| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001784 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001784 |
| 描述 | uncharacterized protein At4g17910-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 17566128 - 17569944 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986463 |
|---|---|
| GeneID | 130986463 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986463 |
| 原始查询 | SmilChr05G001784 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0378200; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os03g0378200; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT4G17910 (AT4G17910)transferases, transferring acyl groups [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827515] identity=52.9; qcov=1.01; evalue=7.33e-160; confidence=high |
| Rice | Os03g0378200- identity=54.7; qcov=1; evalue=6.06e-166; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006506 (GPI anchor biosynthetic process); GO:0016020 (membrane); GO:0032216 (glucosaminyl-phosphatidylinositol O-acyltransferase activity); GO:0072659 (protein localization to plasma membrane) |
| KEGG | smil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF06423 (GWT1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986463 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057765862.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057765862.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765862.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765862.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765862.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:17566586 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:17567261 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B22 |
Chr5:17567751 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B22 |
Chr5:17568095 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B59,B69,B9,C56 |
Chr5:17569366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765862.1PF06423
GWT1 8-447 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765862.1 |
Pfam | PF06423 |
GWT1 | Family | 8 | 447 | 5.8e-128 | 428.3 | GWT1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。