Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001787`

染色体: Chr05 坐标: 17600109-17603077 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001787`
名称	SmilChr05G001787
描述	lipid phosphate phosphatase 2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	17600109 - 17603077 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986464`
GeneID	`130986464`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986464`
原始查询	`SmilChr05G001787`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lipid phosphate phosphatase 2-like
产物	lipid phosphate phosphatase 2-like
Arabidopsis	`AT2G01180` (PAP1) phosphatidic acid phosphatase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814646] identity=61; qcov=0.846; evalue=1.48e-146; confidence=high
Rice	`Os08g0359200` (P0488B06.38-1) - identity=57.7; qcov=0.843; evalue=1.77e-129; confidence=high
GO	GO:0006644 (phospholipid metabolic process); GO:0008195 (phosphatidate phosphatase activity)
KEGG	smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01569 (PAP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057765863.1`
2	Endosome	内体	0.40000	`XP_057765863.1`
3	Endosome membrane	内体膜	0.40000	`XP_057765863.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057765863.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057765863.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:17601299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:17601301`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B94
`Chr5:17601301`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B94
`Chr5:17601389`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr5:17601389`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr5:17601392`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B104
`Chr5:17601392`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B104
`Chr5:17601407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:17601565`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B24
`Chr5:17601565`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B24
`Chr5:17601845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr5:17602341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B59,B69,B9,C56,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765863.1

370 aa

185

370

PAP2

PF01569 PAP2 165-309 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765863.1`	Pfam	`PF01569`	PAP2	Family	165	309	3.5e-32	111.6	PAP2 superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909880.1
CCGTAGGCCAAGCGCCTCATCTTTCCACTTCAAACTTCAATATCTTTCCACTTCAAACTTCAATTCTTCAACATTTCTCTCTCTCTAGAGTTGGTTTTCCACTATCTCATTATCTCTAAAAAAATTCAGTAATCATCATGAGTATTAGTTACCTTTTCTTGAGTAAAAGCTCTTAATTATTGTAGCCAAGATTTGATGAACTTGGGGTCCCTCGTTTTGAAGTTAGACAGCAACGTAAGTAATTAAAATATCTCCGTTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986464
ATGCGTTGTTGCCTTGTTGTGGGCGCTGTTAAGGATAAAAAGATTCTGTGTTTCTTGCAATTTGGCTCTCCTTCAAAATTATTGAATTTTCGAGGTTGGATTAGGTGGATTGGTTTCAATTATTCTGCGCAAATGGGTTGGAAGATTTCTTTTTGTCCGAACACAAATTTCCGGACAATGTTTCAGGTTAGACCAAGTCAGTTTGAGCTTGAATGTCGCCACACCATTAGGTCTCACGGGAGGAAACTTGCTCGAGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765863.1
MRCCLVVGAVKDKKILCFLQFGSPSKLLNFRGWIRWIGFNYSAQMGWKISFCPNTNFRTMFQVRPSQFELECRHTIRSHGRKLARDHKHDWLILLVLVVIEITLNVINPFYRFVGKGMMEDLMYPMKENTVPLWAVPLYAVLLPMTIFFLYYLRRNDVYDLHHSVLGLLFAVLITGVLTDAIKDAVGRPRPDFFWRCFPDGRDEYDRWGNVVCHGKPGDIKEGHKSFPSGHTSWSFAGLGFLALYMSAKIKCFDRSGHIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器