当前解析结果
SmilChr05G001789| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001789 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001789 |
| 描述 | two-component response regulator ARR10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 17607414 - 17608880 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986467 |
|---|---|
| GeneID | 130986467 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986467 |
| 原始查询 | SmilChr05G001789 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | two-component response regulator ARR10-like |
| 产物 | two-component response regulator ARR10-like |
| Arabidopsis | AT2G01760 (RR14)response regulator 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814707] identity=36; qcov=0.565; evalue=1.38e-25; confidence=medium |
| Rice | Os01g0904700 (RR26)- identity=40.8; qcov=0.443; evalue=2.44e-27; confidence=low |
| GO | GO:0000160 (phosphorelay signal transduction system); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00072 (Response_reg) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986467 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765878.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765878.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765878.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765878.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057765878.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:17607609 |
A |
AAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B2,C18,C29,C43,C6,C72,D2 |
Chr5:17607672 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B59,B69,B9,C56 |
Chr5:17607722 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B57,C24,C32,C68 |
Chr5:17607788 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B59,B69,B9,C56 |
Chr5:17608008 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765878.1PF00072
Response_reg 17-125 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765878.1 |
Pfam | PF00072 |
Response_reg | Domain | 17 | 125 | 3.4e-15 | 56.9 | Response regulator receiver domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。