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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001789

染色体: Chr05 坐标: 17607414-17608880 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001789
名称SmilChr05G001789
描述two-component response regulator ARR10-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向17607414 - 17608880 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986467
GeneID130986467
locus_tag-
NCBI NameLOC130986467
原始查询SmilChr05G001789

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述two-component response regulator ARR10-like
产物two-component response regulator ARR10-like
ArabidopsisAT2G01760 (RR14)
response regulator 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814707]
identity=36; qcov=0.565; evalue=1.38e-25; confidence=medium
RiceOs01g0904700 (RR26)
-
identity=40.8; qcov=0.443; evalue=2.44e-27; confidence=low
GOGO:0000160 (phosphorelay signal transduction system); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00072 (Response_reg)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765878.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765878.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765878.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765878.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057765878.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:17607609 A AAC 2bp_insertion frameshift_variant 7 B2,C18,C29,C43,C6,C72,D2
Chr5:17607672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,B69,B9,C56
Chr5:17607722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B57,C24,C32,C68
Chr5:17607788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,B69,B9,C56
Chr5:17608008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765878.1
271 aa
N
1
136
271
Response_reg
C
PF00072 Response_reg 17-125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765878.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 17 125 3.4e-15 56.9 Response regulator receiver domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909895.1
TTATAATGTATAAAAAAACTTTCATTTTTGAGCTTCTGCATCGCTTGCACTGTGTTCAACCAAAATTCTTGTGATAGATTTTGCAGAGATGGATCAAGAAAAAATTACAGTTCCTACTATTTTTCGAGGCCTTCGGATTCTCCTGCTTGATGGTGATACAGAATCGCTGTTACATTTAGCATCACAATTGGAAAATTATTCCTATAGAGTTACCACCACTGAACTGCCGACAATTGCACTGTCCATTTTGCAAGAACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986467
ATGGATCAAGAAAAAATTACAGTTCCTACTATTTTTCGAGGCCTTCGGATTCTCCTGCTTGATGGTGATACAGAATCGCTGTTACATTTAGCATCACAATTGGAAAATTATTCCTATAGAGTTACCACCACTGAACTGCCGACAATTGCACTGTCCATTTTGCAAGAACGAGCAGATCGTTTCGATCTCATCATGGCTGACATCGAAATGCAAGAAATCGACTGTTTCAAGTTTATCAAGAGTGTACAGCTTATCAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765878.1
MDQEKITVPTIFRGLRILLLDGDTESLLHLASQLENYSYRVTTTELPTIALSILQERADRFDLIMADIEMQEIDCFKFIKSVQLIKDLPIILISAESKKNVIKEAMMKGACFFLKKPISSKNLKNVWQHFYRKTRKIEIKSSDYQEAESHGAKAERKEKVVTEEAPNESVNEHFGDSDQAGNDQDGVVGRMRLKNSRKKRSDEAGEVKRRKLDENQELADSPKFGVAFFKLPEETDCLDGHNLSEGSLTQSKFPTTAKKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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