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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001798

染色体: Chr05 坐标: 17733182-17733709 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001798
名称SmilChr05G001798
描述probable membrane-associated kinase regulator 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向17733182 - 17733709 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025593
GeneID131025593
locus_tag-
NCBI NameLOC131025593
原始查询SmilChr05G001798

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable membrane-associated kinase regulator 2
产物probable membrane-associated kinase regulator 2
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
PfamPF30362 (MAKR5_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811375.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057811375.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811375.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811375.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811375.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:17733694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B28,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811375.1
175 aa
N
1
88
175
MAKR5_C
C
PF30362 MAKR5_C 14-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811375.1 Pfam PF30362 MAKR5_C Domain 14 175 5.3e-33 115.6 Membrane-associated kinase regulator 5 helix

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955392.1
ATGGAAGCGCTTGGTCTTCTGAAATTCTGGAGAAGTGTTGCTGCCCGAGCTGAGACGAAGGCGAGTCCGTTGAATCAGCTCTCCAAATCGTCGAAACTCGACCGGAGCAACCGTTTTTCCGTCAATTGCAGAGTGGCGGACGCGCCGCCTGTGCCGGTTTTCACCAGAGATAACAATCTGAAAAGCAAAATGATGAAAGAAAACTTCGATTATGAGACCACTTCCGACGTCAGGTCGACGGAGAAATTCGTACCCAAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025593
ATGGAAGCGCTTGGTCTTCTGAAATTCTGGAGAAGTGTTGCTGCCCGAGCTGAGACGAAGGCGAGTCCGTTGAATCAGCTCTCCAAATCGTCGAAACTCGACCGGAGCAACCGTTTTTCCGTCAATTGCAGAGTGGCGGACGCGCCGCCTGTGCCGGTTTTCACCAGAGATAACAATCTGAAAAGCAAAATGATGAAAGAAAACTTCGATTATGAGACCACTTCCGACGTCAGGTCGACGGAGAAATTCGTACCCAAGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811375.1
MEALGLLKFWRSVAARAETKASPLNQLSKSSKLDRSNRFSVNCRVADAPPVPVFTRDNNLKSKMMKENFDYETTSDVRSTEKFVPKYLKLIKLFYVKVSNTVKSTDSVTPASSPVTAPVNLSLRKFFKGSRIGSFKIVTRNLGKSRSASSVATVGVVSLSIRRRDDSLLEQNDGI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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