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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001814

染色体: Chr05 坐标: 18153612-18154909 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001814
名称SmilChr05G001814
描述uncharacterized SmilChr05G001814
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向18153612 - 18154909 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986487
GeneID130986487
locus_tag-
NCBI NameLOC130986487
原始查询SmilChr05G001814

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsDjB2; symbol=OsDjB2; hit=Os01g0875700; species=rice; confidence=low
产物OsDjB2; symbol=OsDjB2; hit=Os01g0875700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G16650 (AT5G16650)
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831527]
identity=36.5; qcov=0.851; evalue=6.3e-07; confidence=low
RiceOs01g0875700 (OsDjB2)
-
identity=35.5; qcov=0.838; evalue=2.21e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057765895.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057765895.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057765895.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765895.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765895.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:18154002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B7
Chr5:18154030 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 22 A11,A7,B108,B111,B131,B23,B26,B3,B33,B50,B72,B90,B92,B99,C21,C28,C33,C48,C60,C79,C87,D1
Chr5:18154390 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 79 A1,A16,A2,A21,A22,A23,A3,A6,A8,B104,B108,B113,B114,B122,B125,B126,B129,B131,B136,B138,B139,B18,B19,B20,B24,B25,B28,B38,B39,B45,B47,B50,B51,B52,B53,B58,B61,B62,B71,B75,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B91,B93,B97,B99,C10,C15,C19,C3,C37,C38,C40,C41,C46,C5,C52,C58,C59,C61,C62,C67,C7,C78,C79,C8,C81,C85,D11,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765895.1
74 aa
N
1
37
74
DnaJ
C
PF00226 DnaJ 18-49 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765895.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 18 49 6.1e-09 36.6 DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909912.1
TATGTAGATAATGGTTTCATATACGTTTCATTACTTTTGTATTTTTAACTGTAGAGATCCGATCCGCAAATGAGTTACTTATTTAATTATATACTAATAGTTGACTCTTGTAATTATTAAAAAAACATGGATGGACAAGACTTAATTATGTGCGGGTTTCTCTACAGAAAGAGAAAAAAGAATCTGCACTGCAAATAAATATGGACCACACACACAGCAGAAAAAGGTAAAATATCGGTTGCCACAATTTTTCTTTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986487
ATGGGGTCTACTCCACAATTCCATTTTTTTGTTCTTAAAAATGTGAGCCAGAGATTGAAGAAAGAAATTCGACGTGCTTATCGTAAGCTTACAATGCAATGGCATCCTGACAAACACAAATTTCAGCAAATTGAAGAAGCATATTCAGGGTTTCTCCGATTTTGTTCAAGAAATGGTGTCTCTCGTGAATGGCACTTGCTCTGTTTAATCAAGTATTGGGCTTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765895.1
MGSTPQFHFFVLKNVSQRLKKEIRRAYRKLTMQWHPDKHKFQQIEEAYSGFLRFCSRNGVSREWHLLCLIKYWA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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