当前解析结果
SmilChr05G001814| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001814 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001814 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G001814 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 18153612 - 18154909 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986487 |
|---|---|
| GeneID | 130986487 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986487 |
| 原始查询 | SmilChr05G001814 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsDjB2; symbol=OsDjB2; hit=Os01g0875700; species=rice; confidence=low |
| 产物 | OsDjB2; symbol=OsDjB2; hit=Os01g0875700; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G16650 (AT5G16650)Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831527] identity=36.5; qcov=0.851; evalue=6.3e-07; confidence=low |
| Rice | Os01g0875700 (OsDjB2)- identity=35.5; qcov=0.838; evalue=2.21e-07; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00226 (DnaJ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986487 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057765895.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057765895.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057765895.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765895.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765895.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:18154002 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B7 |
Chr5:18154030 |
C |
CAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A11,A7,B108,B111,B131,B23,B26,B3,B33,B50,B72,B90,B92,B99,C21,C28,C33,C48,C60,C79,C87,D1 |
Chr5:18154390 |
GTC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 79 | A1,A16,A2,A21,A22,A23,A3,A6,A8,B104,B108,B113,B114,B122,B125,B126,B129,B131,B136,B138,B139,B18,B19,B20,B24,B25,B28,B38,B39,B45,B47,B50,B51,B52,B53,B58,B61,B62,B71,B75,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B91,B93,B97,B99,C10,C15,C19,C3,C37,C38,C40,C41,C46,C5,C52,C58,C59,C61,C62,C67,C7,C78,C79,C8,C81,C85,D11,D6,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765895.1PF00226
DnaJ 18-49 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765895.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 18 | 49 | 6.1e-09 | 36.6 | DnaJ domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。