Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001816`

染色体: Chr05 坐标: 18178615-18179317 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001816`
名称	SmilChr05G001816
描述	leucine-rich repeat extensin-like protein 3
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	18178615 - 18179317 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986488`
GeneID	`130986488`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986488`
原始查询	`SmilChr05G001816`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	leucine-rich repeat extensin-like protein 3
产物	leucine-rich repeat extensin-like protein 3
Arabidopsis	`AT1G70985` (AT1G70985) hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843437] identity=41.2; qcov=0.978; evalue=2.07e-07; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057765897.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765897.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765897.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765897.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765897.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:18178771`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr5:18179049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909914.1
TAAGGTACCTAGAGGTAGGAGCCCCCCCACCCCACCCCAACTTGTAATCATTTTAACTTAGTCTTCACACTCCCACCTATTTCATATCTTCCCTTTTCTTCTCAAAACACCTCTAAAACCATGGCCTCATCAAACCTTCTCAACATACTCTCAACTCTCTTATTTTTGTCCACGATTCTTGATTTTCTGCCGACAGCGACGCCGCAGGAGTGCCCGTATCCGTGTTATCCACCGCCAATAGGCCCCGGAAACGGCCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986488
ATGGCCTCATCAAACCTTCTCAACATACTCTCAACTCTCTTATTTTTGTCCACGATTCTTGATTTTCTGCCGACAGCGACGCCGCAGGAGTGCCCGTATCCGTGTTATCCACCGCCAATAGGCCCCGGAAACGGCCCGCCAGCCACCACAACCCCACCGGCATCCACCACTCCTCCGGCGGCTCTCTCTCCTCCAGCTAATTCCTTCACTACTCCTCCGGCGGGTTACATCCCATTTACTCCGCCGTCGCCTTACTTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765897.1
MASSNLLNILSTLLFLSTILDFLPTATPQECPYPCYPPPIGPGNGPPATTTPPASTTPPAALSPPANSFTTPPAGYIPFTPPSPYFSGAVPPPPEPILPWFPFYYRKPPHQDQSSSSPPATGSTNLVLFIFPLLLVCHY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器