Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001825`

染色体: Chr05 坐标: 18249099-18251831 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001825`
名称	SmilChr05G001825
描述	nudix hydrolase 25
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	18249099 - 18251831 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986497`
GeneID	`130986497`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986497`
原始查询	`SmilChr05G001825`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nudix hydrolase 25
产物	nudix hydrolase 25
Arabidopsis	`AT1G30110` (NUDX25) nudix hydrolase homolog 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839890] identity=77.1; qcov=1.02; evalue=1.48e-99; confidence=high
Rice	`Os04g0685800` - identity=57; qcov=1; evalue=4.66e-66; confidence=high
GO	GO:0006753 (nucleoside phosphate metabolic process); GO:0008893 (guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity); GO:0009507 (chloroplast); GO:0019693 (ribose phosphate metabolic process); GO:0034432 (bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity)
KEGG	smil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00240 (Pyrimidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00293 (NUDIX)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986497

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057765911.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057765911.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057765911.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765911.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765911.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765911.1

172 aa

172

NUDIX

PF00293 NUDIX 8-149 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765911.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	8	149	1.4e-23	84.1	NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909928.1
GATGATGATTAAATAAAAATTTCGCAGAATTGGATGCGCACGATAAGCACAGACGGGCGCAGAAAAAGTCTTTTTGATCTCAACGCACTCCACGTCATCATCAGCTCATTCTTACACATTCAAAACAGTGCATATGAATGTGTTTGACTTTCTGCTAAAGTGATATTCTGATAGTGATCTGTATTTTCCAGAGATTCTCTCTCTTCCCTCTCTCTCAAGTTTTCCATTCTTTTAGAGACACGGTGAATTTCAACTAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986497
ATGGAGGGTCTGCCCTCTGGTTATCGCCCTAACGTTGGAGTTTGTCTCATCAATGATGATAATATGGTGTTTGTGGCGTCTAGACTGAATGTTCCTGGAGCATGGCAGATGCCTCAGGGTGGTATTGAAGAAGGAGAGGAACCAAGGTCTGCAGCAATCAGAGAATTGAGGGAAGAAACTGGAGTAGTGTCTGCTGAAGTAATAGACGAGGTTCCAGAATGGTTGACGTATGACTTCCCTCCGGCTGTAAAGTCGAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765911.1
MEGLPSGYRPNVGVCLINDDNMVFVASRLNVPGAWQMPQGGIEEGEEPRSAAIRELREETGVVSAEVIDEVPEWLTYDFPPAVKSKVNRLWGGEWHGQAQKWFLMRLTAEESEINLANGETDPEFSEWKWATPEEVIEQAVDYKRPTYEEVMKTFQPYFTSGKATKCYSTKW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器