当前解析结果
SmilChr05G001836| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001836 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001836 |
| 描述 | WUSCHEL-related homeobox 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 18384961 - 18386895 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986507 |
|---|---|
| GeneID | 130986507 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986507 |
| 原始查询 | SmilChr05G001836 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WUSCHEL-related homeobox 6-like |
| 产物 | WUSCHEL-related homeobox 6-like |
| Arabidopsis | AT3G18010 (WOX1)WUSCHEL related homeobox 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821325] identity=48; qcov=0.552; evalue=3.48e-36; confidence=medium |
| Rice | Os05g0118700 (LSY1)- identity=74.6; qcov=0.25; evalue=5.32e-29; confidence=weak |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0099402 (plant organ development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00046 (Homeodomain) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986507 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765923.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765923.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765923.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765923.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057765923.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:18385167 |
TAA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A19,A6,B102,B107,B120,B123,B124,B132,B15,B29,B44,B5,B66,B69,B82,B83,B85,B86,B88,B95,C54,C71,C77 |
Chr5:18386283 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B93,B94,C21,C38 |
Chr5:18386520 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765923.1PF00046
Homeodomain 67-126 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765923.1 |
Pfam | PF00046 |
Homeodomain | Domain | 67 | 126 | 3.7e-16 | 59.4 | Homeodomain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。