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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001854`

染色体: Chr05 坐标: 18568965-18569795 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001854`
名称	SmilChr05G001854
描述	DNA repair protein XRCC3 homolog
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	18568965 - 18569795 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025601`
GeneID	`131025601`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025601`
原始查询	`SmilChr05G001854`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA repair protein XRCC3 homolog
产物	DNA repair protein XRCC3 homolog
Arabidopsis	`AT5G57450` (XRCC3) homolog of X-ray repair cross complementing 3 (XRCC3) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835850] identity=41.7; qcov=0.606; evalue=5.94e-24; confidence=medium
Rice	`Os01g0578000` (RAD51C) - identity=41.9; qcov=0.339; evalue=1.26e-11; confidence=low
GO	GO:0000400 (four-way junction DNA binding); GO:0000722 (telomere maintenance via recombination); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005657 (replication fork); GO:0033065 (Rad51C-XRCC3 complex); GO:0045003 (double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing); GO:0071140 (resolution of mitotic recombination intermediates); GO:0090656 (t-circle formation); GO:0140664 (ATP-dependent DNA damage sensor activity)
KEGG	smil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF08423 (Rad51)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811383.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811383.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811383.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811383.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811383.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:18568970`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr5:18568975`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr5:18568989`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,C67
`Chr5:18568997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,A5,B123,C67
`Chr5:18569076`	`G`	`GTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	34	A10,A14,A15,A22,A25,A5,A7,B103,B107,B112,B121,B123,B127,B137,B20,B24,B27,B54,B67,B95,C1,C36,C39,C43,C47,C49,C51,C53,C56,C61,C65,C67,C80,C85
`Chr5:18569080`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	A15,C19
`Chr5:18569080`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	A15,C19
`Chr5:18569086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr5:18569093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B117
`Chr5:18569107`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	50	A10,A14,A15,A22,A25,A5,A7,B101,B103,B107,B109,B112,B115,B118,B121,B123,B127,B128,B137,B18,B20,B23,B24,B27,B4,B54,B61,B65,B67,B95,C1,C19,C36,C39,C43,C47,C48,C49,C51,C53,C56,C60,C61,C62,C65,C67,C71,C80,C85,D4
`Chr5:18569108`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	49	A10,A14,A15,A22,A25,A5,A7,B101,B103,B107,B109,B112,B115,B121,B123,B127,B128,B137,B18,B20,B23,B24,B27,B4,B54,B61,B65,B67,B95,C1,C19,C36,C39,C43,C47,C48,C49,C51,C53,C56,C60,C61,C62,C65,C67,C71,C80,C85,D4
`Chr5:18569110`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	51	A10,A14,A15,A22,A25,A5,A7,B101,B103,B107,B109,B112,B115,B118,B121,B123,B127,B128,B137,B18,B20,B23,B24,B27,B4,B54,B61,B65,B67,B95,C1,C11,C19,C36,C39,C43,C47,C48,C49,C51,C53,C56,C60,C61,C62,C65,C67,C71,C80,C85,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811383.1

218 aa

109

218

Rad51

PF08423 Rad51 17-93 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811383.1`	Pfam	`PF08423`	Rad51	Domain	17	93	5.7e-18	65.8	Rad51

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955400.1
ATGGTAAATTATGCTACAGCAATACCACTTCTTCCCTTGGCTACACCAAAAATCACTTTTGGGTGCCCAACGTTGGATCGTATGTTCGGAGGAGGCATACCTGTAGAGAGTATCACCGAATTCGTTGGTGAAAGTGGCTGTGGGAAGACCCAGTTCATGTTACAACTAGCTCAGAACACGCAGTTGCCAGAAACGCTTGGTGGCCAATCCAGAAAATCACTATACCTGAATGCCGAGTTTGCGTTCCCAATCGAGCGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025601
ATGGTAAATTATGCTACAGCAATACCACTTCTTCCCTTGGCTACACCAAAAATCACTTTTGGGTGCCCAACGTTGGATCGTATGTTCGGAGGAGGCATACCTGTAGAGAGTATCACCGAATTCGTTGGTGAAAGTGGCTGTGGGAAGACCCAGTTCATGTTACAACTAGCTCAGAACACGCAGTTGCCAGAAACGCTTGGTGGCCAATCCAGAAAATCACTATACCTGAATGCCGAGTTTGCGTTCCCAATCGAGCGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811383.1
MVNYATAIPLLPLATPKITFGCPTLDRMFGGGIPVESITEFVGESGCGKTQFMLQLAQNTQLPETLGGQSRKSLYLNAEFAFPIERLNEIASNNPFFNSFPLDRVFIKFIECVDELLRILAVVVTNQVVDTIDGNDQVRIDNIPSITTSDRTVVCVNTHFVIVKLVVREKVINDKQPSSSASEETAPRSLQVVFAPHIGKVNCEIVINHDGISGIGSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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