Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001872

染色体: Chr05 坐标: 18891763-18895848 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001872
名称SmilChr05G001872
描述uncharacterized SmilChr05G001872
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向18891763 - 18895848 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986537
GeneID130986537
locus_tag-
NCBI NameLOC130986537
原始查询SmilChr05G001872

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述seven transmembrane domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841173]; symbol=AT1G47640; hit=AT1G47640; species=arabidopsis; confidence=high
产物seven transmembrane domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841173]; symbol=AT1G47640; hit=AT1G47640; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G47640 (AT1G47640)
seven transmembrane domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841173]
identity=88.1; qcov=0.996; evalue=2.89e-150; confidence=high
RiceOs03g0766000
-
identity=85.8; qcov=0.991; evalue=7.91e-148; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF09767 (DUF2053)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765953.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057765953.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057765953.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765953.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765953.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:18891998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr5:18892042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:18892289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,C11,C45,C69
Chr5:18892451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C10,C52,C8
Chr5:18894935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr5:18895579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765953.1
228 aa
N
1
114
228
DUF2053
C
PF09767 DUF2053 2-161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765953.1 Pfam PF09767 DUF2053 Family 2 161 6.4e-60 202.7 Predicted membrane protein (DUF2053)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909970.1
ATCATAAAAAGAAAGTTTTATGACAAACTTTTGATAAAAATTTGGGCCTATAATTTTAAAAAGCCCAACTCATCAATTTAATCTTTTTGGTCCAAAAAAAAAAACAGTGTAAACTACAGCTCTACTGCCTCTCTACATCGGCTTTTCTCCATTATCGATCAACAAAGGCTGTATTTTTGGAGATCTTTCTCTCTGCCTAGCGGAATTTCAGAGGAAAGCATGACAATATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986537
ATGACAATATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACTTTTGGCCCTCACGCCGTTTACTACTCCGCCACTCCCTTATCCGAGTATGATACCATTGGTACTTCGATTAAAGCAGCTGTTGTATACCTCGTTACTGCATTGGTGAAGCTTGTATGTCTTGCAACCTTTCTTAAGGTATCTGAAAGCGACAGTTTCGACCCTTATCAGGAATTGTTGAAAGCTTTGATTGGATTCATAGATGTTGCTGGGCTTTACTTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765953.1
MTIFHFFNCAILTFGPHAVYYSATPLSEYDTIGTSIKAAVVYLVTALVKLVCLATFLKVSESDSFDPYQELLKALIGFIDVAGLYFALTQLTHRNISQNHKFQAVGLGWAFADSVLHRLAPLWVGARGLEFTWDYILQGLEANANLVLSISLAALGSLMWLRKNKPKTLIPIIYACAGIVATMPSITSYLKLGLGWHFPKVVGFELFTSLVMAFISWQLFAACQRPSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器