Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001875`

染色体: Chr05 坐标: 18993314-18994195 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001875`
名称	SmilChr05G001875
描述	uncharacterized SmilChr05G001875
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	18993314 - 18994195 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025608`
GeneID	`131025608`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025608`
原始查询	`SmilChr05G001875`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=27.6; qcov=0.778; evalue=7.77e-15; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=27.3; qcov=0.949; evalue=2.83e-15; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025608

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811391.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811391.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057811391.1`
4	Endosome	内体	0.20000	`XP_057811391.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811391.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:18993323`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B65,B78,C50,D6
`Chr5:18993325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B139,B18
`Chr5:18993329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C5,C83
`Chr5:18993336`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B91,C38
`Chr5:18993337`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C46
`Chr5:18993341`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	27	A22,A24,A8,B102,B119,B129,B131,B33,B39,B4,B57,B58,B63,B75,B90,B92,C11,C19,C20,C24,C27,C55,C60,C69,C81,D4,D9
`Chr5:18993411`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B102,B22,B6,C51
`Chr5:18993415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr5:18993472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	43	A16,A24,A3,B101,B114,B122,B125,B130,B140,B22,B25,B32,B35,B37,B53,B60,B62,B81,B82,B85,B9,B90,B92,C10,C11,C13,C14,C20,C30,C35,C5,C53,C57,C58,C6,C69,C7,C72,C8,C83,C86,C9,D9
`Chr5:18993483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B124,C46
`Chr5:18993483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C46
`Chr5:18993504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811391.1

293 aa

146

293

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 99-192 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811391.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	99	192	1.8e-20	74.1	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955408.1
ATGGAAATTGGGGAGGGAGATACGATACTTTTTTGGCACCATTGGTGGATTGGAGACAAGAGCCTCTCGGTGATGTTCCCTAGATTATTTTATCTTAGCAACAACCAAAGAGGCACCATCAAGAGCATGGGAGATTGGGTCGACGAGAAGTGCGAATGGAAGCTCTCCTGGAACCGTGAACTGTCGGGAAGAGACCTTGAACAGGCCAACACTTTGCATTCTCTCATCAACAGAGCTCGTGCAAATGCTGCTGCCAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025608
ATGGAAATTGGGGAGGGAGATACGATACTTTTTTGGCACCATTGGTGGATTGGAGACAAGAGCCTCTCGGTGATGTTCCCTAGATTATTTTATCTTAGCAACAACCAAAGAGGCACCATCAAGAGCATGGGAGATTGGGTCGACGAGAAGTGCGAATGGAAGCTCTCCTGGAACCGTGAACTGTCGGGAAGAGACCTTGAACAGGCCAACACTTTGCATTCTCTCATCAACAGAGCTCGTGCAAATGCTGCTGCCAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811391.1
MEIGEGDTILFWHHWWIGDKSLSVMFPRLFYLSNNQRGTIKSMGDWVDEKCEWKLSWNRELSGRDLEQANTLHSLINRARANAAAKDGWRWKPSPNGCFSVKTAYKVLCSEKNPTVHPHEDNIWSLIWKAAVPFKTRTTAWRILKGRLPTCDELQKRQVSFQNADILCGFCKVKDETINHTFFECFKADEVWKEILRWIGKQTTMNHKAKEHLLAFINLGNKDDSHFLLVVWLCTIWCIWKERNVCKFNQGVWRKEKLVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器