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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001882

染色体: Chr05 坐标: 19092197-19094948 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001882
名称SmilChr05G001882
描述uncharacterized SmilChr05G001882
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19092197 - 19094948 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986547
GeneID130986547
locus_tag-
NCBI NameLOC130986547
原始查询SmilChr05G001882

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G47580 (ASG7)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]
identity=33; qcov=1.08; evalue=4.55e-62; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986547

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765968.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057765968.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765968.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765968.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765968.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19092651 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B46,C26
Chr5:19092651 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B46,C26
Chr5:19092722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr5:19092878 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 19 A23,B10,B112,B16,B29,B38,B39,B42,B43,B57,B67,C14,C20,C24,C32,C51,C61,C68,C76
Chr5:19092919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C52
Chr5:19093033 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B52,C29,C43,C7
Chr5:19093033 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 4 B52,C29,C43,C7
Chr5:19093358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:19093514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C45,C69
Chr5:19093939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909985.1
GGTGAATAATCTCCCCGCGTTTCATTTACTCACTCATGTCATGTCACGAAGACGTGTGAGAAGTCATATTATGTAAGTATAAAAGAATGTTAATTGGCATTATTGCTTTGATGATGGATAGCGCGGTGCAAAAGCAACTGGATGCAGCGATGCCATGGGTGGGCTTATACATCGCCGCAGCTTCTGCAGTCTGCACTCTTGCAATGGCGGCCGACGCTCTCAACAGCTTCCGCCGCAAGAAGCTGTGGTTCCCCTGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986547
ATGCCTTCTCTGGGCTCCATGAACGACAACGAGCTCCTCCCAAACATGGTCGCCGTAGCCGTCCTCGTGATCACCGTCACGGCTAACGTGGCCATTCACATCATCGAGCTGCAACGCTACCAACAAAAAGCAATCATCCCTTCAATTATGATGTTGCTTTCTCTTGTGATGCTGGTTTCTATGGCGCTTAGCGTGTCAACGATGAAGAGGAGCCTGAAATGGAAGTACCAAGAGAAGCACAGAGAAGCTTTAGAGGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765968.1
MPSLGSMNDNELLPNMVAVAVLVITVTANVAIHIIELQRYQQKAIIPSIMMLLSLVMLVSMALSVSTMKRSLKWKYQEKHREALEEEEEEEEEMKMDDQRRRMMKYWVMAESSCPQFVVARSNVSAASSLISSLFYCIYTLVQVLRGARTNAAGKSLYGISTKWIVHIQSIGLGIAVIVAALRWFVAAVFTCTTTFSDTFKIESYWIQTLNDWRNSLLAGFKIGPNKWGKHLLDAQWCVLTFCIGVQCCVVLVSKTLVFF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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