同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001898

染色体: Chr05 坐标: 19274160-19276814 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001898
名称SmilChr05G001898
描述GDP-mannose transporter GONST3
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19274160 - 19276814 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986565
GeneID130986565
locus_tag-
NCBI NameLOC130986565
原始查询SmilChr05G001898

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDP-mannose transporter GONST3
产物GDP-mannose transporter GONST3
ArabidopsisAT1G76340 (GONST3)
golgi nucleotide sugar transporter 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843966]
identity=79.2; qcov=0.951; evalue=0.0; confidence=high
RiceOs03g0215000
-
identity=71.74; qcov=0.984; evalue=0.0; confidence=high
GOGO:0005457 (GDP-fucose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG-
PfamPF03151 (TPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986565

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057765990.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057765990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19274714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:19274765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr5:19274878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:19274888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr5:19274963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:19275113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:19275350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:19275450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B108,B22,B56,B96
Chr5:19275472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B37
Chr5:19275479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B33,B68,C48,C9
Chr5:19275552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B70,B94,C28
Chr5:19275678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765990.1
368 aa
N
1
184
368
TPT
C
PF03151 TPT 45-320 aa
XP_057765991.1
368 aa
N
1
184
368
TPT
C
PF03151 TPT 45-320 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765990.1 Pfam PF03151 TPT Family 45 320 3.4e-16 60.2 Triose-phosphate Transporter family
XP_057765991.1 Pfam PF03151 TPT Family 45 320 3.4e-16 60.2 Triose-phosphate Transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910008.1
TAAAAATAAAAAACAATATAAAGCCCTAAAAATTCGTTCATATTTGCTACTTCACTGGCTTCTTCTTCAGCACTGCTACTTCTTTTTCACTTCTCATCGATCTTTACATTACATGTAATTATCTATTTTTTTCTTTTTCTTTTGAAAGTCTCACCGACAGCTAATCTTGCTATAGAGTTGCTCCATTGATCTCATTGCAAATGTTTGATGCTTCTTGGAGCTTCTTCGGCAACGGTGAAGTCATTTGATGAATTGCGAGT...
XM_057910007.1
CACTGGCTTCTTCTTCAGCACTGCTACTTCTTTTTCACTTCTCATCGATCTTTACATTACATGTAATTATCTATTTTTTTCTTTTTCTTTTGAAAGTCTCACCGACAGCTAATCTTGCTATAGAGTTGCTCCATTGATCTCATTGCAAATGTTTGATGCTTCTTGGAGCTTCTTCGGCAACGGTGAAGTCATTTGATGAATTGCGAGTAAATGAATCAGCTCCATAGATTCAATCAATTACTCCAGAAATTTCCCCGATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986565
ATGACTGGCGATGTGGAAAATTCTAAAGATGGGGATGCTTCATCTGATGCTCAATCAAGTTCGGGTTGGTATAGCACCTTTCTCCAGCAAGCCTCGGTCTATGGAATTGCAGGGGGTTATTGTCTCTCTGCTTCGTTACTATCAATCATCAATAAATGGGCAGTGATGAAGTTTCCATACCCGGGAGCTCTAACTGCATTGCAGTACTTGACAAGTGCTGTTGGAGTTGTAATCTTTGGGTGGCTTAAGTTGCTGGAGCA...
LOC130986565
ATGACTGGCGATGTGGAAAATTCTAAAGATGGGGATGCTTCATCTGATGCTCAATCAAGTTCGGGTTGGTATAGCACCTTTCTCCAGCAAGCCTCGGTCTATGGAATTGCAGGGGGTTATTGTCTCTCTGCTTCGTTACTATCAATCATCAATAAATGGGCAGTGATGAAGTTTCCATACCCGGGAGCTCTAACTGCATTGCAGTACTTGACAAGTGCTGTTGGAGTTGTAATCTTTGGGTGGCTTAAGTTGCTGGAGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765990.1
MTGDVENSKDGDASSDAQSSSGWYSTFLQQASVYGIAGGYCLSASLLSIINKWAVMKFPYPGALTALQYLTSAVGVVIFGWLKLLEHDKLDLVTMWRFLPAAFIFYLSLFTNSELLLHANVDTFIVFRSVVPIFVAIGETLFLHQPWPALKTWFSLTTIFAGSVLYVTTDYQFSVKAYSWALAYLVSMSIDFVYIKHVVMTIGLNTWGLVLYNNLEALMLFPIELLIMGELKKIEHEITDESDWYSFGVVLPVGLSCLFG...
XP_057765991.1
MTGDVENSKDGDASSDAQSSSGWYSTFLQQASVYGIAGGYCLSASLLSIINKWAVMKFPYPGALTALQYLTSAVGVVIFGWLKLLEHDKLDLVTMWRFLPAAFIFYLSLFTNSELLLHANVDTFIVFRSVVPIFVAIGETLFLHQPWPALKTWFSLTTIFAGSVLYVTTDYQFSVKAYSWALAYLVSMSIDFVYIKHVVMTIGLNTWGLVLYNNLEALMLFPIELLIMGELKKIEHEITDESDWYSFGVVLPVGLSCLFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器