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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001901

染色体: Chr05 坐标: 19290857-19299512 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001901
名称SmilChr05G001901
描述uncharacterized SmilChr05G001901
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19290857 - 19299512 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986564
GeneID130986564
locus_tag-
NCBI NameLOC130986564
原始查询SmilChr05G001901

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836266]; symbol=AT5G61450; hit=AT5G61450; species=arabidopsis; confidence=high
产物P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836266]; symbol=AT5G61450; hit=AT5G61450; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G61450 (AT5G61450)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836266]
identity=70.5; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0102400
-
identity=68; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF13238 (AAA_18)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986564

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765989.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057765989.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057765989.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057765989.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057765989.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19294066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr5:19294115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B37
Chr5:19294127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B37
Chr5:19294246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B68
Chr5:19294281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:19296730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765989.1
444 aa
N
1
222
444
AAA_18
C
PF13238 AAA_18 145-244 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765989.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 145 244 2.6e-07 31.9 AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910006.1
ATCAAACTTGTTAGAATTTTTTTCTTGAGTTGGGTATTAAACCGAGAACGAGAATCCAACGTTCTTACGTCACCTTCTTCAGCAGTTGGTAGCAGCAGCACACGTAATTCCTCGTTCAAGTCGAAACAAAAACAACAAAATTAAAAAAGCACGAACGAAATCCAGAAACACACAACGCATACAATCATTCCGGAAAAGAGAAATGAAGAAAGATAAAGGAGTCGCAATCGAAAACCCTAAAGAAGAAGTGGAAGATGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986564
ATGAAGAAAGATAAAGGAGTCGCAATCGAAAACCCTAAAGAAGAAGTGGAAGATGAAGAGGGAGATGATTTTGATCATCGATATCAAAACGCGCAATCAGCCGCTCTACCATTCTCTACTCGCAACGCTTCTTCTAAATATGATTTTGTTAAGGTGAAGGTATGGTTGGGCGACAATGCTGACCACTATTACGTGCTCTCCCGCTTTTTGCTTAGCAGAATGTTGACTGTCACCAAGATTCCTAATCACGTGGCTATTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765989.1
MKKDKGVAIENPKEEVEDEEGDDFDHRYQNAQSAALPFSTRNASSKYDFVKVKVWLGDNADHYYVLSRFLLSRMLTVTKIPNHVAIKIALELKKLLIDNSLLDVSQSDLEANLFKLMERRGYGQEYINRYKMMTRFHHQRVPLVILVCGTACVGKSTIATQLAQRLNLPNVLQTDMVYELLRTATDAPLTSSPVWARDFSSSEELITEFCRECRIVRKGLAGDLKKAMKDGKPIIIEGIHLDPSIYLMDDENKLSTTSQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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