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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001910

染色体: Chr05 坐标: 19369916-19371708 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001910
名称SmilChr05G001910
描述uncharacterized SmilChr05G001910
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19369916 - 19371708 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025615
GeneID131025615
locus_tag-
NCBI NameLOC131025615
原始查询SmilChr05G001910

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G41220 (GSTT3)
glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124]
identity=26.2; qcov=0.63; evalue=4.8e-12; confidence=low
RiceOs11g0303800
-
identity=26.6; qcov=0.865; evalue=2.68e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811396.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811396.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811396.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811396.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811396.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19369918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr5:19369940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr5:19369960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C49
Chr5:19369961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,C41,C49
Chr5:19369967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B70
Chr5:19369974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B79
Chr5:19369980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B46,C1,C10,C45,C56
Chr5:19369988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B40,C41
Chr5:19370007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B40
Chr5:19370012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr5:19370021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr5:19370065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B31,C43,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955413.1
ATGGGGTTTGCTCCATTTTCACAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCCACGCCGGCGGCGAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGAAGGAGGCGAAGCCGAAAGCCAAGAACACCCGCGCTGCATATTCTAACGAGGAGTCCGAGCTCGTGGCAATCTTGTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCTATTTTGGGGACCTCCCAAAAGTTGCTCCAATATTGGGGAGCAATCGCGGAGAAGTTCAACGCGCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025615
ATGGGGTTTGCTCCATTTTCACAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCCACGCCGGCGGCGAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGAAGGAGGCGAAGCCGAAAGCCAAGAACACCCGCGCTGCATATTCTAACGAGGAGTCCGAGCTCGTGGCAATCTTGTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCTATTTTGGGGACCTCCCAAAAGTTGCTCCAATATTGGGGAGCAATCGCGGAGAAGTTCAACGCGCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811396.1
MGFAPFSQASNVLATGNVPTPAANANVQEEPKEAKPKAKNTRAAYSNEESELVAILWAEATHNPILGTSQKLLQYWGAIAEKFNALNTSGAPPRKPDHLKSHFARVQKETKFFEGFYNTCKDNWGSGMSDDQIFPQAQTMFEANFKKQFSYIKAWKVLRECQRFTSQAEDVHSAKKSKGSDGKLCNGLLDAWTTRIRGIE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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