当前解析结果
SmilChr05G001911| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001911 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001911 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 41-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 19388718 - 19392932 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986575 |
|---|---|
| GeneID | 130986575 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986575 |
| 原始查询 | SmilChr05G001911 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 41-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 41-like |
| Arabidopsis | AT1G33060 (NAC014)NAC 014 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840202] identity=33.7; qcov=0.354; evalue=2.63e-10; confidence=low |
| Rice | Os10g0359500 (ONAC061)- identity=26.9; qcov=0.939; evalue=2.01e-12; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986575 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765995.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765995.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765995.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765995.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057765995.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:19389365 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr5:19389383 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr5:19390081 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B18,B70,B97,C28,C82 |
Chr5:19390385 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr5:19390488 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr5:19390514 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B62 |
Chr5:19391434 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr5:19391446 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C76 |
Chr5:19391446 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765995.1PF02365
NAM 12-116 aa
XP_057765996.1PF02365
NAM 12-116 aa
XP_057765997.1PF02365
NAM 10-61 aa
XP_057765998.1PF02365
NAM 10-61 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765995.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 12 | 116 | 1.4e-09 | 39.2 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057765996.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 12 | 116 | 1.4e-09 | 39.2 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057765997.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 10 | 61 | 1.3e-07 | 32.8 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057765998.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 10 | 61 | 1.3e-07 | 32.8 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。