当前解析结果
SmilChr05G001918| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001918 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001918 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G001918 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 19450927 - 19452270 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025616 |
|---|---|
| GeneID | 131025616 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025616 |
| 原始查询 | SmilChr05G001918 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0003723 (RNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00076 (RRM_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025616 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057811397.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057811397.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057811397.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057811397.1 |
| 5 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057811397.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:19450931 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,C40,C55,C57 |
Chr5:19450969 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B42,C12,C64,D10 |
Chr5:19450992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr5:19451021 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B25,C8 |
Chr5:19451036 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr5:19451044 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C3,C37 |
Chr5:19451058 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr5:19451067 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,D10 |
Chr5:19451068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr5:19451073 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr5:19451076 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B126 |
Chr5:19451083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B32,B75,B96 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811397.1PF00076
RRM_1 54-119 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811397.1 |
Pfam | PF00076 |
RRM_1 | Domain | 54 | 119 | 7.7e-07 | 29.6 | RNA recognition motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。