当前解析结果
SmilChr05G001922| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001922 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001922 |
| 描述 | ricin B-like lectin R40G3 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 19482742 - 19484609 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986583 |
|---|---|
| GeneID | 130986583 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986583 |
| 原始查询 | SmilChr05G001922 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ricin B-like lectin R40G3 |
| 产物 | ricin B-like lectin R40G3 |
| Arabidopsis | AT2G39050 (EULS3)hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818491] identity=69; qcov=0.618; evalue=7.25e-76; confidence=high |
| Rice | Os07g0684000 (R40G3)- identity=56.8; qcov=0.729; evalue=9.01e-73; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986583 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057766014.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057766015.1 |
| 3 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057766014.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766014.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766014.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:19483046 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 28 | B106,B109,B11,B123,B125,B126,B129,B134,B19,B24,B52,B53,B60,B75,B81,B86,C33,C39,C41,C43,C47,C58,C59,C75,C77,C81,D11,D7 |
Chr5:19484093 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。