Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001925

染色体: Chr05 坐标: 19521808-19524977 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001925
名称SmilChr05G001925
描述NAD(H) kinase 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19521808 - 19524977 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986585
GeneID130986585
locus_tag-
NCBI NameLOC130986585
原始查询SmilChr05G001925

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAD(H) kinase 1-like
产物NAD(H) kinase 1-like
ArabidopsisAT3G21070 (NADK1)
NAD kinase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821659]
identity=48.9; qcov=0.516; evalue=5.78e-07; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986585

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057766016.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057766016.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766016.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766016.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766016.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19522125 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B96
Chr5:19522125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr5:19522127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B36,B38,B92,D10
Chr5:19522129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B15,B42,B91
Chr5:19522149 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A14,B20
Chr5:19522149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B20
Chr5:19522158 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B15
Chr5:19522158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:19522685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C47
Chr5:19523529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr5:19523550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C12
Chr5:19523569 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A9,B117,B32,B82,B98,C31,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910033.1
TATCACATTAATCTCAATCGGAAGAAGTGCAGCTCCCGCCCCTTTGCCGTCCATTTCTGAAATAAGCTCCTGGCCCCTTTGCCGTCGATCTCCCCGCCGCGCGCTTCGATCTCCGCCGTCTTCCCCGCCACCCTCTCCGATATCCGCCGTCTATCTCTGCATCTTCTCCCCATCGTCGCCTTCAGTTGCTATTGCCATTGCTGGAACAATGGTTCGAGGACCCAAATGTGCTCGAAGGTTTGCTGAGTATGGCTGTCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986585
ATGGTTCGAGGACCCAAATGTGCTCGAAGGTTTGCTGAGTATGGCTGTCTAGATTCTACCTCAGTTTTGAGCTCAGAAAAATCTATAGAGGAACTTATTCAACAGCCTCCTCTCCAAGGAATCGAAGATAATCTGATTGAGTTCTCTGAGGCTTTGAGAATCTTGTCCTGTGCCCGTTTGCCAATTGCTAGCTGCTGTGCCATCGTCGTTGTGCTCTTACATCATTGTGTCCAGCAGCAGTCTCAGCTCAGATTGCACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766016.1
MVRGPKCARRFAEYGCLDSTSVLSSEKSIEELIQQPPLQGIEDNLIEFSEALRILSCARLPIASCCAIVVVLLHHCVQQQSQLRLHSSRQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器