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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001929

染色体: Chr05 坐标: 19616563-19621280 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001929
名称SmilChr05G001929
描述putative bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19616563 - 19621280 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986590
GeneID130986590
locus_tag-
NCBI NameLOC130986590
原始查询SmilChr05G001929

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
产物putative bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ArabidopsisAT2G16370 (THY-1)
thymidylate synthase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816134]
identity=74.3; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0446900
-
identity=73.6; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004146 (dihydrofolate reductase activity); GO:0004799 (thymidylate synthase activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005829 (cytosol); GO:0006231 (dTMP biosynthetic process); GO:0006730 (one-carbon metabolic process); GO:0046654 (tetrahydrofolate biosynthetic process)
KEGGsmil00240 (Pyrimidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00670 (One carbon pool by folate - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00790 (Folate biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00186 (DHFR_1); PF00303 (Thymidylat_synt)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986590

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057766019.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766021.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057766017.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057766019.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057766017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19616932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr5:19617206 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 147 A13,A18,A20,A21,A22,A25,A4,A5,A7,A8,B10,B100,B101,B103,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B113,B114,B115,B119,B12,B121,B124,B125,B127,B129,B13,B130,B132,B133,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B17,B18,B2,B20,B22,B23,B25,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B46,B47,B50,B54,B55,B56,B59,B60,B62,B65,B66,B67,B7,B70,B72,B76,B77,B78,B8,B80,B82,B83,B84,B86,B89,B9,B90,B92,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C13,C15,C16,C17,C19,C2,C21,C23,C26,C27,C3,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C48,C49,C50,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C70,C73,C74,C75,C77,C8,C80,C82,C83,C86,C87,D11,D3,D4,D6
Chr5:19617243 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 144 A1,A10,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A23,A24,A7,A9,B1,B101,B102,B103,B104,B105,B107,B112,B117,B118,B119,B120,B123,B124,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B26,B27,B28,B29,B32,B37,B38,B39,B40,B41,B44,B45,B46,B48,B49,B51,B53,B56,B58,B61,B62,B63,B64,B66,B69,B71,B72,B73,B75,B78,B79,B80,B81,B83,B85,B87,B88,B91,B93,B95,B96,B97,B98,C1,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C22,C23,C24,C25,C27,C33,C35,C37,C39,C41,C42,C44,C46,C49,C5,C53,C56,C57,C59,C60,C61,C64,C66,C67,C7,C71,C72,C74,C75,C77,C78,C79,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr5:19617322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B132,B66
Chr5:19617892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,C29,C47,C7
Chr5:19618124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B49,B58,B80
Chr5:19619509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B64
Chr5:19619554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr5:19619581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D7
Chr5:19619593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr5:19620129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B3,C6
Chr5:19620130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766017.1
585 aa
N
1
292
585
DHFR_1
Thymidylat_synt
C
PF00186 DHFR_1 83-258 aa PF00303 Thymidylat_synt 294-538 aa
XP_057766018.1
574 aa
N
1
287
574
DHFR_1
Thymidylat_synt
C
PF00186 DHFR_1 83-258 aa PF00303 Thymidylat_synt 294-574 aa
XP_057766019.1
527 aa
N
1
264
527
DHFR_1
Thymidylat_synt
C
PF00186 DHFR_1 25-200 aa PF00303 Thymidylat_synt 236-480 aa
XP_057766020.1
527 aa
N
1
264
527
DHFR_1
Thymidylat_synt
C
PF00186 DHFR_1 25-200 aa PF00303 Thymidylat_synt 236-480 aa
XP_057766021.1
516 aa
N
1
258
516
DHFR_1
Thymidylat_synt
C
PF00186 DHFR_1 25-200 aa PF00303 Thymidylat_synt 236-516 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766017.1 Pfam PF00186 DHFR_1 Domain 83 258 2.8e-35 122.0 Dihydrofolate reductase
XP_057766017.1 Pfam PF00303 Thymidylat_synt Domain 294 538 7.2e-104 347.3 Thymidylate synthase
XP_057766018.1 Pfam PF00186 DHFR_1 Domain 83 258 2.7e-35 122.1 Dihydrofolate reductase
XP_057766018.1 Pfam PF00303 Thymidylat_synt Domain 294 574 1.1e-117 392.6 Thymidylate synthase
XP_057766019.1 Pfam PF00186 DHFR_1 Domain 25 200 2.6e-35 122.1 Dihydrofolate reductase
XP_057766019.1 Pfam PF00303 Thymidylat_synt Domain 236 480 5.7e-104 347.7 Thymidylate synthase
XP_057766020.1 Pfam PF00186 DHFR_1 Domain 25 200 2.6e-35 122.1 Dihydrofolate reductase
XP_057766020.1 Pfam PF00303 Thymidylat_synt Domain 236 480 5.7e-104 347.7 Thymidylate synthase
XP_057766021.1 Pfam PF00186 DHFR_1 Domain 25 200 2.4e-35 122.2 Dihydrofolate reductase
XP_057766021.1 Pfam PF00303 Thymidylat_synt Domain 236 516 8.8e-118 392.9 Thymidylate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910038.1
CATGTCATCCTCAGTCGCTCACTCACTCTCGCGCGCAACCAAACCCCTCTCCCCATTCTCTTTCGTATTCTAATTATTCTCCTCAATTCCTTCCTCCTCGCCGCCTATCGCAGCTCGCCATCCGAGCTGCAATAGACTATACTGTTCAGAATAGTATATTTACTTTGGCTTCACATTCATTGATTTTGCGGTCTCTTGAAGCTTGTAAACGGTTTACGGGGCAAAGATTCTCTTCAGGATATTTAGTGATGGGTGGTGCT...
XM_057910036.1
CATGTCATCCTCAGTCGCTCACTCACTCTCGCGCGCAACCAAACCCCTCTCCCCATTCTCTTTCGTATTCTAATTATTCTCCTCAATTCCTTCCTCCTCGCCGCCTATCGCAGCTCGCCATCCGAGCTGCAATAGACTATACTGTTCAGAATAGTATATTTACTTTGGCTTCACATTCATTGATTTTGCGGTCTCTTGAAGCTTGTAAACGGTTTACGGGGCAAAGATTCTCTTCAGGATATTTAGTGATGGGTGGTGCT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130986590
ATGTATTGTGGATTGTTCAATGTAAAAAATTCAGCAATTAAAATCCCTTTGGCTGCAATAGACTATACTGTTCAGAATAGTATATTTACTTTGGCTTCACATTCATTGATTTTGCGGTCTCTTGAAGCTTGTAAACGGTTTACGGGGCAAAGATTCTCTTCAGGATATTTAGTGATGGGTGGTGCTTCAAATTCAAATGAATGCACCTCTAGTGGCGAGGTGCCAGTTTCCCATAGAACTTATCAGGTTATGGTAGCTGC...
LOC130986590
ATGGGTGGTGCTTCAAATTCAAATGAATGCACCTCTAGTGGCGAGGTGCCAGTTTCCCATAGAACTTATCAGGTTATGGTAGCTGCAACTCAAGATATGGGTATCGGGAAAGATGGTAAGTTGCCATGGCGATTGCCCAGTGATCTTAAATTTTTCAAAGATATCACCATGAATACATCGGATCCCGATAAGAAAAATGCTGTGATGATGGGGAGGAAAACTTGGGAAAGTATTCCCCCTCAATTTCGACCTTTGCCTGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057766017.1
MYCGLFNVKNSAIKIPLAAIDYTVQNSIFTLASHSLILRSLEACKRFTGQRFSSGYLVMGGASNSNECTSSGEVPVSHRTYQVMVAATQDMGIGKDGKLPWRLPSDLKFFKDITMNTSDPDKKNAVMMGRKTWESIPPQFRPLPGRLNVVLSRSGNSDVAAGSDNVIVCGSVSSALKLLGEPPYSLSVEKVFLIGGGQILREALNAEECDAIHITEIRSHFECDTFIPPIDMLVYHPWYSSFPIQENGINYCFATYVRLK...
XP_057766018.1
MYCGLFNVKNSAIKIPLAAIDYTVQNSIFTLASHSLILRSLEACKRFTGQRFSSGYLVMGGASNSNECTSSGEVPVSHRTYQVMVAATQDMGIGKDGKLPWRLPSDLKFFKDITMNTSDPDKKNAVMMGRKTWESIPPQFRPLPGRLNVVLSRSGNSDVAAGSDNVIVCGSVSSALKLLGEPPYSLSVEKVFLIGGGQILREALNAEECDAIHITEIRSHFECDTFIPPIDMLVYHPWYSSFPIQENGINYCFATYVRLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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