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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001933`

染色体: Chr05 坐标: 19651431-19652811 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001933`
名称	SmilChr05G001933
描述	uncharacterized SmilChr05G001933
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	19651431 - 19652811 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025623`
GeneID	`131025623`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025623`
原始查询	`SmilChr05G001933`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G35695` (AT5G35695) nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543] identity=56.8; qcov=0.437; evalue=1.36e-68; confidence=low
Rice	`Os08g0106900` - identity=41.5; qcov=0.775; evalue=3.21e-82; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811403.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057811403.1`
3	Telomere	端粒	0.60000	`XP_057811403.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811403.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811403.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:19651593`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B97
`Chr5:19651593`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B97
`Chr5:19651599`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr5:19651627`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr5:19651688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B19,B93,C54,C64
`Chr5:19651693`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D5
`Chr5:19651693`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D5
`Chr5:19651736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B71,C64
`Chr5:19651737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A15,A16,B108,B110,B119,B123,B125,B2,B21,B4,C28
`Chr5:19651851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B37,C56,C65
`Chr5:19651851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,C56,C65
`Chr5:19651962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811403.1

435 aa

218

435

DUF8040

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

Plant_tran

PF26138 DUF8040 71-161 aa PF01609 DDE_Tnp_1 191-337 aa PF13359 DDE_Tnp_4 197-358 aa PF04827 Plant_tran 226-361 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811403.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	71	161	1.8e-22	79.7	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057811403.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	191	337	1.2e-11	45.4	Transposase DDE domain
`XP_057811403.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	197	358	4e-26	92.3	DDE superfamily endonuclease
`XP_057811403.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	226	361	5.1e-05	23.7	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955420.1
ATGAATTATGAAGATAAAATTAACATTGCAATTGAAGAAGACATAGATGAAGAACTTGCGGATGAAATCGAAACAGAGATGGAGATTGAACTTTATGATCTTGTTAGGCAACTGATGGAAGCAGCTAAGGTAGTTATCACTCTATTGGGAAATATTATGACGCTACATCCGACTGCTGACAACGCTCTGATGCGACGACCAAAGACTAGGGAAGGATTCCGTTTTATTACGAGAATGATGGATGGAGATCCGAGCCAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025623
ATGAATTATGAAGATAAAATTAACATTGCAATTGAAGAAGACATAGATGAAGAACTTGCGGATGAAATCGAAACAGAGATGGAGATTGAACTTTATGATCTTGTTAGGCAACTGATGGAAGCAGCTAAGGTAGTTATCACTCTATTGGGAAATATTATGACGCTACATCCGACTGCTGACAACGCTCTGATGCGACGACCAAAGACTAGGGAAGGATTCCGTTTTATTACGAGAATGATGGATGGAGATCCGAGCCAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811403.1
MNYEDKINIAIEEDIDEELADEIETEMEIELYDLVRQLMEAAKVVITLLGNIMTLHPTADNALMRRPKTREGFRFITRMMDGDPSQFRQLYRMYPDVFIKLCQIIREKAHVDDTRYTTVEEMLATFLIIVGHNDRYCNVRQRFGRSHFATSQNFNKILRALNTIVPDMMVKPTSAIPAKIRESTRFYPYFKDCIGAIDGTHIPATIIGKDVSCYRNRHGVNSQNVLAACNFDLQFIYVLSGWVGSAHDSKILSDVLSRSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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