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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001938

染色体: Chr05 坐标: 19729257-19737598 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001938
名称SmilChr05G001938
描述uncharacterized SmilChr05G001938
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19729257 - 19737598 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986594
GeneID130986594
locus_tag-
NCBI NameLOC130986594
原始查询SmilChr05G001938

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GTP-binding protein, HflX [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835907]; symbol=AT5G57960; hit=AT5G57960; species=arabidopsis; confidence=high
产物GTP-binding protein, HflX [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835907]; symbol=AT5G57960; hit=AT5G57960; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G57960 (AT5G57960)
GTP-binding protein, HflX [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835907]
identity=79.7; qcov=0.808; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0592700
-
identity=76.6; qcov=0.806; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0043022 (ribosome binding)
KEGG-
PfamPF01926 (MMR_HSR1); PF13167 (GTP-bdg_N); PF16360 (GTP-bdg_M); PF19275 (HflX_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986594

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057766027.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057766027.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766027.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766027.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766027.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19730380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:19730443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr5:19730444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B44,B45,B72,C83,C84
Chr5:19731606 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A11,B75
Chr5:19731606 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 A11,B75
Chr5:19731712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B21,C82
Chr5:19732958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:19732993 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C37
Chr5:19732993 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C37
Chr5:19733006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:19734003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr5:19734034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B19,B2,B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766027.1
554 aa
N
1
277
554
GTP-bdg_N
GTP-bdg_M
MMR_HSR1
HflX_C
C
PF13167 GTP-bdg_N 156-245 aa PF16360 GTP-bdg_M 248-325 aa PF01926 MMR_HSR1 333-451 aa PF19275 HflX_C 463-532 aa
XP_057766028.1
530 aa
N
1
265
530
GTP-bdg_N
GTP-bdg_M
MMR_HSR1
HflX_C
C
PF13167 GTP-bdg_N 156-245 aa PF16360 GTP-bdg_M 248-325 aa PF01926 MMR_HSR1 333-451 aa PF19275 HflX_C 463-523 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766027.1 Pfam PF13167 GTP-bdg_N Family 156 245 4.2e-30 104.9 GTP-binding GTPase N-terminal
XP_057766027.1 Pfam PF16360 GTP-bdg_M Family 248 325 5e-27 95.0 GTP-binding GTPase Middle Region
XP_057766027.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 333 451 3e-23 82.8 50S ribosome-binding GTPase
XP_057766027.1 Pfam PF19275 HflX_C Domain 463 532 1.9e-08 35.0 HflX C-terminal domain
XP_057766028.1 Pfam PF13167 GTP-bdg_N Family 156 245 3.9e-30 105.0 GTP-binding GTPase N-terminal
XP_057766028.1 Pfam PF16360 GTP-bdg_M Family 248 325 4.6e-27 95.1 GTP-binding GTPase Middle Region
XP_057766028.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 333 451 2.7e-23 83.0 50S ribosome-binding GTPase
XP_057766028.1 Pfam PF19275 HflX_C Domain 463 523 2.7e-07 31.3 HflX C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910044.1
AAACTCATTTTATATCTCCATTAATATACTTGCAGAAATATGAGGAAACAACGTAGTGAATCATTACTGAACGCTGCTTCCAATATCTGAACCGACTGTAATTTTGAGCTCGAAAAATCGAAAGAAGTTATTATCATGAGCTTATGCTTTTGCTCGATCTTGAATCCCTCGTTTCTGAACCGGGAATTGGATTCCGTTTCTCGACGTCAATTGGCGCCAAACCCTAACATCAAGCCCTTTCAATTCTTCAATCTTCGAAT...
XM_057910045.1
ACTCATTTTATATCTCCATTAATATACTTGCAGAAATATGAGGAAACAACGTAGTGAATCATTACTGAACGCTGCTTCCAATATCTGAACCGACTGTAATTTTGAGCTCGAAAAATCGAAAGAAGTTATTATCATGAGCTTATGCTTTTGCTCGATCTTGAATCCCTCGTTTCTGAACCGGGAATTGGATTCCGTTTCTCGACGTCAATTGGCGCCAAACCCTAACATCAAGCCCTTTCAATTCTTCAATCTTCGAATTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986594
ATGAGCTTATGCTTTTGCTCGATCTTGAATCCCTCGTTTCTGAACCGGGAATTGGATTCCGTTTCTCGACGTCAATTGGCGCCAAACCCTAACATCAAGCCCTTTCAATTCTTCAATCTTCGAATTCACGAGAATCATTTTTGTAATCTCAAGGCTGTTCATGCTGACGGAGTCGGAGTTCTCTACCCCGACGACACCGTTTCGGAGCGGACCACCCCCCTTGATGCTGAACCTGAGGGTCAGGTTGATGGGGCGGTGGA...
LOC130986594
ATGAGCTTATGCTTTTGCTCGATCTTGAATCCCTCGTTTCTGAACCGGGAATTGGATTCCGTTTCTCGACGTCAATTGGCGCCAAACCCTAACATCAAGCCCTTTCAATTCTTCAATCTTCGAATTCACGAGAATCATTTTTGTAATCTCAAGGCTGTTCATGCTGACGGAGTCGGAGTTCTCTACCCCGACGACACCGTTTCGGAGCGGACCACCCCCCTTGATGCTGAACCTGAGGGTCAGGTTGATGGGGCGGTGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766027.1
MSLCFCSILNPSFLNRELDSVSRRQLAPNPNIKPFQFFNLRIHENHFCNLKAVHADGVGVLYPDDTVSERTTPLDAEPEGQVDGAVDGVVGTAMEESHEAPSRTRLKKMEGKKANVEDGDKENRFKLRNGREVFEEKAYLVGVARKGDNDISFGIEDSLSELAQLADTAGLFVAGSTYQNLVTPNPRTYIGSGKVAEIKSAIHAFDIETVIFDDELSPGQLRNLEKTFGGDVRVCDRTALILDIFKQRAATREAALQVSL...
XP_057766028.1
MSLCFCSILNPSFLNRELDSVSRRQLAPNPNIKPFQFFNLRIHENHFCNLKAVHADGVGVLYPDDTVSERTTPLDAEPEGQVDGAVDGVVGTAMEESHEAPSRTRLKKMEGKKANVEDGDKENRFKLRNGREVFEEKAYLVGVARKGDNDISFGIEDSLSELAQLADTAGLFVAGSTYQNLVTPNPRTYIGSGKVAEIKSAIHAFDIETVIFDDELSPGQLRNLEKTFGGDVRVCDRTALILDIFKQRAATREAALQVSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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