Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001945`

染色体: Chr05 坐标: 19822857-19828495 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001945`
名称	SmilChr05G001945
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	19822857 - 19828495 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986603`
GeneID	`130986603`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986603`
原始查询	`SmilChr05G001945`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6-like
Arabidopsis	`AT1G52520` (FRS6) FAR1-related sequence 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841683] identity=33.1; qcov=0.572; evalue=3.88e-11; confidence=low
Rice	`Os07g0615900` - identity=34.8; qcov=0.518; evalue=4.24e-15; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766041.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766041.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766041.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766041.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766041.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:19822946`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	124	A10,A14,A16,A21,A23,A24,A25,A3,A5,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B108,B112,B117,B118,B120,B125,B126,B127,B129,B131,B137,B138,B16,B17,B19,B2,B20,B23,B24,B26,B27,B29,B31,B35,B38,B39,B40,B47,B48,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B63,B64,B67,B7,B71,B75,B77,B78,B8,B80,B81,B87,B94,B96,B97,B98,C1,C11,C18,C19,C2,C20,C22,C23,C24,C28,C29,C3,C32,C35,C37,C39,C41,C42,C45,C47,C5,C51,C52,C54,C55,C59,C61,C62,C63,C68,C69,C7,C72,C74,C76,C77,C8,C80,C81,C84,C85,D10,D11,D3,D4,D5,D7,D9
`Chr5:19822960`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A4
`Chr5:19822960`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A4
`Chr5:19822965`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B132,C1
`Chr5:19822973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B72,C1
`Chr5:19822974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B49,C58
`Chr5:19822978`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	30	B106,B107,B114,B128,B129,B131,B20,B25,B30,B32,B33,B38,B49,B61,B64,B82,B85,B91,C32,C36,C37,C40,C44,C57,C58,C68,C73,C79,D1,D6
`Chr5:19823030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,B135,B72,C1,C6
`Chr5:19823045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:19823081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,B135,B72,C1
`Chr5:19823095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,C1
`Chr5:19823098`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766041.1

222 aa

111

222

FAR1

PF03101 FAR1 143-221 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766041.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	143	221	6.5e-16	59.6	FAR1 DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910058.1
ACTGCGTCGTTTTAATTACTCAAAATATGCTGATACTAAATTAATAATTCAACTCGCCAGTGAAGCACAGCTCGGCTAGGTGAAGCCGTGATCTTCATCTTTCTATTTTTTTTTTCTCCAACGCGAATTTTTATATTTTTGTTTCCTTTAACAGATTGAATCCATATCCGATTTCTTTGGAAATTTTGTATCTCCACCGAAAAATGGGGATTTCATCCGCATCACATCATTTGGCAAAGAATATTCATCATCAATCAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986603
ATGGGGATTTCATCCGCATCACATCATTTGGCAAAGAATATTCATCATCAATCAATCTTTTCGGTCCATCGTTTGTTCTTCTTCTTCTTCTTCACCAAATTCCATAATCAATATTCAGTGCTTTTACTCTGCCATAAGAGTCAATTTACTGTGGGGAACATCACGACGTCCATCTTCGGCACAATCGAACAGTTTACCTTGAAGACGACGCATTGTTTAAAGATCGAACAAAAGCTTAGCATGGATAACGGATGTACATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766041.1
MGISSASHHLAKNIHHQSIFSVHRLFFFFFFTKFHNQYSVLLLCHKSQFTVGNITTSIFGTIEQFTLKTTHCLKIEQKLSMDNGCTSFRRLSFEHANEEHNQYPSDMVDDGSMNQLVNLTSTNDKEDTPKIGMSFDTEEDVYEFYLKYSKRVGFGIRRSKSHKNKSGELVDRIFCCSAQGKRSHDKRDIYVKKARPETRFDCQAKLKVSSRETRKLCVVQFC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器