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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001965

染色体: Chr05 坐标: 20222571-20223475 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001965
名称SmilChr05G001965
描述glycine-rich RNA-binding, abscisic acid-inducible protein
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向20222571 - 20223475 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986618
GeneID130986618
locus_tag-
NCBI NameLOC130986618
原始查询SmilChr05G001965

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich RNA-binding, abscisic acid-inducible protein
产物glycine-rich RNA-binding%2C abscisic acid-inducible protein
ArabidopsisAT1G75550 (AT1G75550)
glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843891]
identity=39.1; qcov=1.03; evalue=2.22e-07; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986618

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057766059.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766059.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766059.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766059.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766059.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:20223089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr5:20223112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:20223219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr5:20223244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B13
Chr5:20223250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C45,C61,C85
Chr5:20223251 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 9 A11,B135,B68,B72,B93,C46,C48,C83,D1
Chr5:20223276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr5:20223331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr5:20223360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B88,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910076.1
GTATAAATTGATGCCAACTGTAGTGGAAATATCATGCAGAGATCACTAAGGCACAATGGCTAAAATTCTGTGGTTGGCTCTGTTTTTTGCTATGGTGATAGTTAGACTGAGAGCCGAAGAAGGAGGAGGCGCCGCCACCGCTCCGCCCTCGTCGGAAAGTTCTGATCCTCCACAAACAACGAACGATGTAAAAACTGAAGGGAAGAGTAGCAAGACTTACAACAACGTAGCGGTGAACAACAAGAGGAAGAATAATGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986618
ATGGCTAAAATTCTGTGGTTGGCTCTGTTTTTTGCTATGGTGATAGTTAGACTGAGAGCCGAAGAAGGAGGAGGCGCCGCCACCGCTCCGCCCTCGTCGGAAAGTTCTGATCCTCCACAAACAACGAACGATGTAAAAACTGAAGGGAAGAGTAGCAAGACTTACAACAACGTAGCGGTGAACAACAAGAGGAAGAATAATGGAGGTGGGAGCGGAGGTGGAGGTGGAGGCGGAGTTGGATGGGGTTGGGGCGGTGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766059.1
MAKILWLALFFAMVIVRLRAEEGGGAATAPPSSESSDPPQTTNDVKTEGKSSKTYNNVAVNNKRKNNGGGSGGGGGGGVGWGWGGGGGGGNRGGGWGWGGGGGGGVFWRWGCNGRHHRSGKMKVFPKGDYAIGEFAQCMVKGRCRGMRLDCPLHCGGPCVYDCRNMCKAHCKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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