Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001970

染色体: Chr05 坐标: 20331056-20333011 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001970
名称SmilChr05G001970
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向20331056 - 20333011 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025630
GeneID131025630
locus_tag-
NCBI NameLOC131025630
原始查询SmilChr05G001970

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT5G41220 (GSTT3)
glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124]
identity=27.6; qcov=0.582; evalue=1.01e-13; confidence=low
RiceOs11g0303800
-
identity=24.4; qcov=1; evalue=2.33e-17; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811409.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811409.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811409.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811409.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811409.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:20331084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B66
Chr5:20331100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B7,C14,C76
Chr5:20331101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr5:20331121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,D1
Chr5:20331146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,C39,C63,C76
Chr5:20331147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B86,C39,C51,C63
Chr5:20331149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B64,C11
Chr5:20331195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,C63
Chr5:20331205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr5:20331215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,B25
Chr5:20331216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr5:20331223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955426.1
ATGGGGTTTGCTCCATTTTCACAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCCACGCCGGCGGCAAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGAGGAGGTGAAGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCGCTGCATATTCTAGCGAGGAGTCCGAGCTCGTGGCAATCCTGTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCTATTTTGGGGACCTCCCAAAAGTTGCTCCAATATTGGGGAGCAATCGCGGAAAAGTTCAACGCGCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025630
ATGGGGTTTGCTCCATTTTCACAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCCACGCCGGCGGCAAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGAGGAGGTGAAGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCGCTGCATATTCTAGCGAGGAGTCCGAGCTCGTGGCAATCCTGTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCTATTTTGGGGACCTCCCAAAAGTTGCTCCAATATTGGGGAGCAATCGCGGAAAAGTTCAACGCGCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811409.1
MGFAPFSQASNVLATGNVPTPAANANVQEEPEEVKPKAKGTRAAYSSEESELVAILWAEATHNPILGTSQKLLQYWGAIAEKFNALNTSGAPPRKPDHLKSHFARVQKETKFFEGFYNTCKDNWGSGMSDDQIFQQAQTMFEANFKKQFSYVKAWKVLRECQRFTSQAGDVHSAKNSKGSDGGATTTSSEPSVATRPQGQKAAKRDKGKAKKGEGSSGGGSTFSDALEKVAESMREHALKTGEIAENGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器