Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001976`

染色体: Chr05 坐标: 20415521-20422883 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001976`
名称	SmilChr05G001976
描述	protein IQ-DOMAIN 32-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	20415521 - 20422883 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986630`
GeneID	`130986630`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986630`
原始查询	`SmilChr05G001976`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein IQ-DOMAIN 32-like
产物	protein IQ-DOMAIN 32-like
Arabidopsis	`AT1G19870` (iqd32) IQ-domain 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838575] identity=31.5; qcov=1.17; evalue=5.85e-84; confidence=low
Rice	`Os04g0663100` - identity=32.4; qcov=0.909; evalue=1.76e-62; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00612 (IQ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057766071.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057766071.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057766071.1`
4	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057766071.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766071.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:20419110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:20419111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:20419115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr5:20419140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B133,B75,C15
`Chr5:20419190`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B80
`Chr5:20420590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:20421722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766071.1

773 aa

386

773

PF00612 IQ 127-143 aa PF00612 IQ 149-166 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766071.1`	Pfam	`PF00612`	IQ	Motif	127	143	2.9e-10	39.7	IQ calmodulin-binding motif
`XP_057766071.1`	Pfam	`PF00612`	IQ	Motif	149	166	2.9e-10	39.7	IQ calmodulin-binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910088.1
TAAGAAGATATTTTGAGTCCGCATTTCCGAAAATGCCCCTACTATCTGTTTCAAGTTCCGACGACAAAAACTCCTCACTGCTCTGCTCTGCTCCGGCCTGCTCCAGTGTAGTACTGTAGTAGACTACTAGTAGTAAAACAAACAGCATTTTCCAGAGAGAGAGAGATAGAGGTGAGTGAATTTCCAGAGATTGAAGAAACATGGGAAAATCAACTGCATCGTGCTTCAAGATCATCGCCTGCGGCACCGACTCCGTCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986630
ATGGGAAAATCAACTGCATCGTGCTTCAAGATCATCGCCTGCGGCACCGACTCCGTCGACCATGGCGATCTTCAAACGCCCCAAAGCAAGGTTTCAAGTGCTCGGAGCGGGTGGAGTTTTCGGAAGAGATCTGCTAGACATCGAGTATTGAGTAACACTATTATATCAGAAGCACCTTCTTTCACTGATAAAGAAAGCCCGGAGTCTACTGCTGCCAACTTACAAGTGCAGCCAAACTTGATTGTTCCAGAAAAGGCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766071.1
MGKSTASCFKIIACGTDSVDHGDLQTPQSKVSSARSGWSFRKRSARHRVLSNTIISEAPSFTDKESPESTAANLQVQPNLIVPEKASVIQWMDEKDKMSDQVDSNLSDIIATEKDECSSVDATPKESSSILIQAIIRGYLTRRMFLKQKNIIKLQAAIRGHLVRRHAVGTLRCVLAIIKMQALIRARYVRLEGSGDFEKKKKSNNAADDLNPTVLMSKREAKANGTYTYISIEKLLGNKFARQLMASMPRTKPINIKCDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器