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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001991

染色体: Chr05 坐标: 20610673-20613085 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001991
名称SmilChr05G001991
描述uncharacterized SmilChr05G001991
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向20610673 - 20613085 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986640
GeneID130986640
locus_tag-
NCBI NameLOC130986640
原始查询SmilChr05G001991

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述C2H2-like zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843905]; symbol=AT1G75710; hit=AT1G75710; species=arabidopsis; confidence=high
产物C2H2-like zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843905]; symbol=AT1G75710; hit=AT1G75710; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G75710 (AT1G75710)
C2H2-like zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843905]
identity=49.1; qcov=1.33; evalue=1.95e-123; confidence=high
RiceOs04g0115500
-
identity=45.7; qcov=1.13; evalue=1.14e-87; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986640

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766085.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766085.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766085.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766085.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057766085.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:20610922 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B65
Chr5:20610922 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B65
Chr5:20610932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B85,B9,B91,C37,C8
Chr5:20611051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr5:20611055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B16,B60,B67,B97
Chr5:20611064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B65
Chr5:20611132 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B62,C24,C32,C34,C68
Chr5:20611200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B16,B60,B67,B97
Chr5:20611260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr5:20611264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B136,B16,C14,C33
Chr5:20611303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:20611313 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 5 B139,B17,B55,B87,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910102.1
GCCCACTCGTGATTGCTTTTTATTATGCTGGTGAGGATTTCCTTCAATGTATAGTCTTTGTAATAAATACAAAATGAATAGAGTAGTATTGTAGTGCAGATATAGAAAAATCTTAAATTAAAACTAATACAGACAGATTGTTGTCTAACCAACTCCAACCTCTCTCTTCACCCCTTTTATAGAAAACATATCCCCAAACCCTTCCAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCATGGCGGTCCTCACTCCCACACCCAAAAAGCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986640
ATGGCGGTCCTCACTCCCACACCCAAAAAGCACGCTTCTTGCGACTCCAAGCTGAAAAAGAGGCAGCCGCCGCAATCCAAACAGCCTTCTTCTTCTTCATGGGATCAAATCAAAAACCTCGTAACTTGCAAAGCAATGGAGATTTCGAAGATCCATCACCCCTGCGCCAAGATTTGCAACTTGAGGGACGTCATCCATGGCAACACCAGAATCATAGACCGAGCCGATAAATCGCCGGAGATGGTGAAGAGAATCGGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766085.1
MAVLTPTPKKHASCDSKLKKRQPPQSKQPSSSSWDQIKNLVTCKAMEISKIHHPCAKICNLRDVIHGNTRIIDRADKSPEMVKRIGCGPPHGGAMQLRKLSGCYECHAVSTNPMPRSNVFPCSQCGEIFPKIESLDLHQALRHAVSELGPDNSSRNIVEIIFKSSWLKTENPICEIERVLKVHNTQRTIQRFEGYRDAVKLRAKRSARCAADGNELLRFHAAAITCALGARGSSSLCGSAPACGICAIIRHGFRCCRTSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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