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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002015

染色体: Chr05 坐标: 20900129-20900494 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002015
名称SmilChr05G002015
描述glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向20900129 - 20900494 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025640
GeneID131025640
locus_tag-
NCBI NameLOC131025640
原始查询SmilChr05G002015

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like
产物glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025640

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811422.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811422.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811422.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811422.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811422.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:20900220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,B95,C14
Chr5:20900249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B126,C10,C3,C82
Chr5:20900254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,C79
Chr5:20900276 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 13 B113,B123,B128,B29,B41,B43,B49,B85,B90,B92,C29,C63,C67
Chr5:20900303 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 C32,C68,C79
Chr5:20900303 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 C32,C68,C79
Chr5:20900313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B27,C56,C60
Chr5:20900327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B27,C56,C60
Chr5:20900341 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 28 A20,A23,A4,B101,B104,B121,B127,B13,B133,B34,B4,B47,B65,B77,B87,C10,C19,C20,C22,C26,C29,C30,C37,C65,C81,C83,C87,C9
Chr5:20900410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B121
Chr5:20900462 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 108 A11,A14,A15,A19,A2,A20,A21,A23,A4,A8,A9,B100,B101,B102,B104,B105,B107,B108,B111,B119,B120,B122,B123,B127,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B136,B138,B140,B15,B19,B20,B21,B22,B27,B29,B34,B38,B39,B4,B42,B43,B45,B46,B49,B51,B53,B56,B58,B59,B62,B68,B7,B72,B77,B82,B83,B85,B87,B88,B90,B92,B96,C10,C13,C19,C20,C24,C25,C26,C29,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C42,C43,C45,C48,C56,C59,C60,C63,C64,C66,C76,C77,C79,C81,C82,C83,C84,C85,C87,D3,D4,D5,D8,D9
Chr5:20900490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B46,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955439.1
ATGGAAACTTTTTACGAACCTGAGAAAAGGGAGGTCGGAGAGGGAGGGCGGGAGGGGGCCCACGAGCAGATTCTGGGAGAGGTCGAGGGTGGCGAGATTCCGGCAGACGGAGATGGCGGCGGCGGGGAGGGAGGAGTTGAAGTAGTTGTTGGAGAGAGAGAGGTGAGAGAGAGAAGGGAGGGTGCAGAGGGAGATGGGCGCGGCAGCGCTGGAGGGGAATACAGGTCGGAGAGGAAGGGCGCGGCGGCGCTGGAGAGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025640
ATGGAAACTTTTTACGAACCTGAGAAAAGGGAGGTCGGAGAGGGAGGGCGGGAGGGGGCCCACGAGCAGATTCTGGGAGAGGTCGAGGGTGGCGAGATTCCGGCAGACGGAGATGGCGGCGGCGGGGAGGGAGGAGTTGAAGTAGTTGTTGGAGAGAGAGAGGTGAGAGAGAGAAGGGAGGGTGCAGAGGGAGATGGGCGCGGCAGCGCTGGAGGGGAATACAGGTCGGAGAGGAAGGGCGCGGCGGCGCTGGAGAGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811422.1
METFYEPEKREVGEGGREGAHEQILGEVEGGEIPADGDGGGGEGGVEVVVGEREVRERREGAEGDGRGSAGGEYRSERKGAAALESAEGDGRGGTRRWSPEGARQTGRAWRRGDGEGVGEA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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