Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002016`

染色体: Chr05 坐标: 20902329-20907176 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002016`
名称	SmilChr05G002016
描述	uncharacterized SmilChr05G002016
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	20902329 - 20907176 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986657`
GeneID	`130986657`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986657`
原始查询	`SmilChr05G002016`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834220]; symbol=AT5G42150; hit=AT5G42150; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834220]; symbol=AT5G42150; hit=AT5G42150; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G42150` (AT5G42150) Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834220] identity=62.9; qcov=0.997; evalue=4.81e-141; confidence=high
Rice	`Os04g0244400` (OsGRX12) - identity=66.7; qcov=0.817; evalue=1.28e-133; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0050220 (prostaglandin-E synthase activity)
KEGG	smil00590 (Arachidonic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00043 (GST_C); PF00462 (Glutaredoxin); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3); PF17172 (GST_N_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986657

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057766107.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057766107.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057766107.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766107.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766107.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:20902651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,C24,C68
`Chr5:20904086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,C40,D11
`Chr5:20904362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr5:20904378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B57,C24,C32,C68
`Chr5:20906812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B57,C24,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766107.1

327 aa

164

327

Glutaredoxin

GST_N_3

GST_N_2

GST_N_4

GST_C

GST_C_2

PF00462 Glutaredoxin 98-152 aa PF13417 GST_N_3 100-167 aa PF13409 GST_N_2 105-165 aa PF17172 GST_N_4 107-197 aa PF00043 GST_C 252-317 aa PF13410 GST_C_2 253-314 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766107.1`	Pfam	`PF00462`	Glutaredoxin	Domain	98	152	2.6e-10	41.1	Glutaredoxin
`XP_057766107.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	100	167	4.9e-16	59.5	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057766107.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	105	165	8.5e-09	36.6	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057766107.1`	Pfam	`PF17172`	GST_N_4	Domain	107	197	5.3e-11	43.8	Glutathione S-transferase N-terminal domain
`XP_057766107.1`	Pfam	`PF00043`	GST_C	Domain	252	317	0.0001	23.2	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
`XP_057766107.1`	Pfam	`PF13410`	GST_C_2	Domain	253	314	2.3e-06	28.3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910124.1
CACATAAATCTACTGACCTTAAAACCCTTCTCTAGCTTTCATCTTTCTCCTTCCTCCGTCGCACCAAAAAAAAACTTCCTATGTTTCCTCAGATGCGAAGGGCTGCTGGACTCTCCGCCGTTCGCCGCGCCGTAGGCGGCGTGGCCTCCGCGGACCAGCACCACCGCCTGTTCCAGGCGGCGCTCTTCAGCGCCAGCAGCTATAACTCATCGTCCAGATCTCAATGGTTCTCGTACAACGGCATCGCCGGCGACAAGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986657
ATGTTTCCTCAGATGCGAAGGGCTGCTGGACTCTCCGCCGTTCGCCGCGCCGTAGGCGGCGTGGCCTCCGCGGACCAGCACCACCGCCTGTTCCAGGCGGCGCTCTTCAGCGCCAGCAGCTATAACTCATCGTCCAGATCTCAATGGTTCTCGTACAACGGCATCGCCGGCGACAAGGCCTCACGCGCCGCCACGCACGCTGTTTTCGGAACGATGCTGTTCTCCACGGCCGCCACTTCTATCGTCGAGGAGGCTCACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766107.1
MFPQMRRAAGLSAVRRAVGGVASADQHHRLFQAALFSASSYNSSSRSQWFSYNGIAGDKASRAATHAVFGTMLFSTAATSIVEEAHAKETVNFRPKEVVLYQYEACPFCNKVKAFLDYYDIPYKIVEVNPLSKKETKWSEYKKVPILMVDGEQMVDSSDIIDKLYRKINPDVSTNSAEESEEKKWRRWVDNHLVHVLSPNIYRTISEAIDSFDYITTKGNFSFMEKLSAKYAGAGAMYFISKRLKKRHNITDERAALYEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器