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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002022

染色体: Chr05 坐标: 20971308-20976091 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002022
名称SmilChr05G002022
描述protein LIKE COV 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向20971308 - 20976091 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986663
GeneID130986663
locus_tag-
NCBI NameLOC130986663
原始查询SmilChr05G002022

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LIKE COV 2-like
产物protein LIKE COV 2-like
ArabidopsisAT1G43130 (LCV2)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840912]
identity=72.7; qcov=1.01; evalue=6.77e-137; confidence=high
RiceOs01g0867900 (P0677H08.9-1)
-
identity=74.7; qcov=1.01; evalue=1.06e-146; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus)
KEGG-
PfamPF04367 (DUF502)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986663

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057766112.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057766112.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057766112.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057766112.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057766112.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:20971518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B64,B85,B91,C37,D5
Chr5:20974537 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,B77
Chr5:20975749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766112.1
263 aa
N
1
132
263
DUF502
C
PF04367 DUF502 102-202 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766112.1 Pfam PF04367 DUF502 Family 102 202 4.6e-27 94.7 Protein of unknown function (DUF502)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910129.1
TTAGTAGTACCTCTTCAATAACACTCCTCCACCACACTACGCTTTTTTCCTCGATTTTTCCGATCCATTAAAATTCCCATTTTTTCTCCATTGCTACAACTGAAATCCCTAATTTCCCGATTGCAAGAACTGCTGCGAAATCGGGTAGTAACTATTTTTGGCAACAATGGCGGAGGAGAAGGACGCCACGTCGGTTCCACTGAGTCAAAACGTTGGCGAAGATGAAGAGGGGCGAGATCCCGAAGATCCGTTAAAATCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986663
ATGGCGGAGGAGAAGGACGCCACGTCGGTTCCACTGAGTCAAAACGTTGGCGAAGATGAAGAGGGGCGAGATCCCGAAGATCCGTTAAAATCTGCTTCTACTTCTCCTGATTCTTCCACTCGCAGGGCTTGCTGTTTTGTTCTTCAAAGCTGGGTTTCAAAAAAGTTCATGACTGGATGTGTAGTTCTATTCCCAGTTGCTATTACATTTTTTGTGACTTGGTGGTTCGTTCAATTTGTTGATGGTTTCTTCAGTCCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766112.1
MAEEKDATSVPLSQNVGEDEEGRDPEDPLKSASTSPDSSTRRACCFVLQSWVSKKFMTGCVVLFPVAITFFVTWWFVQFVDGFFSPLYEQLGIEIFGLGFITSLLFVFLVGVFVSSWLGASVVWLGEWFIKRMPFVGHIYSASKQISSAISPDQNTTAFKEVAIIRHPRVGEYAFGFITSSVVLQRDDGDEELCSVFVPTNHLYIGDIFLVSSSEIIRPNLSIREGIEIIVSGGMTMPQRIMPISSIERVARPGERIPLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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