当前解析结果
SmilChr05G002022| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002022 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002022 |
| 描述 | protein LIKE COV 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 20971308 - 20976091 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986663 |
|---|---|
| GeneID | 130986663 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986663 |
| 原始查询 | SmilChr05G002022 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LIKE COV 2-like |
| 产物 | protein LIKE COV 2-like |
| Arabidopsis | AT1G43130 (LCV2)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840912] identity=72.7; qcov=1.01; evalue=6.77e-137; confidence=high |
| Rice | Os01g0867900 (P0677H08.9-1)- identity=74.7; qcov=1.01; evalue=1.06e-146; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04367 (DUF502) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986663 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057766112.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057766112.1 |
| 3 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057766112.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057766112.1 |
| 5 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057766112.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:20971518 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B64,B85,B91,C37,D5 |
Chr5:20974537 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,B77 |
Chr5:20975749 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766112.1PF04367
DUF502 102-202 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766112.1 |
Pfam | PF04367 |
DUF502 | Family | 102 | 202 | 4.6e-27 | 94.7 | Protein of unknown function (DUF502) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。