当前解析结果
SmilChr05G002028| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002028 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002028 |
| 描述 | WAT1-related protein At5g64700-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 21064524 - 21068807 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986670 |
|---|---|
| GeneID | 130986670 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986670 |
| 原始查询 | SmilChr05G002028 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WAT1-related protein At5g64700-like |
| 产物 | WAT1-related protein At5g64700-like |
| Arabidopsis | AT5G64700 (UMAMIT21)nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836591] identity=55.3; qcov=0.997; evalue=2.88e-126; confidence=high |
| Rice | Os05g0106200 (OsUMAMIT8)- identity=50.8; qcov=0.951; evalue=8.96e-109; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00892 (EamA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986670 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057766119.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057766119.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057766119.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766119.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766119.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:21064715 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr5:21065112 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr5:21065166 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,C46 |
Chr5:21067403 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,C23 |
Chr5:21067585 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B24 |
Chr5:21067585 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr5:21067634 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr5:21067855 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766119.1PF00892
EamA 7-146 aa
PF00892
EamA 180-317 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766119.1 |
Pfam | PF00892 |
EamA | Domain | 7 | 146 | 1.6e-28 | 100.4 | EamA-like transporter family |
XP_057766119.1 |
Pfam | PF00892 |
EamA | Domain | 180 | 317 | 1.6e-28 | 100.4 | EamA-like transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。